Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermine: Mo 12.30-14.00h, SR 123 CZ3
  • Vorlesungstermine: Do 08.30-10.00h (14tgl.), SR 123 CZ3
  • Übungsleiter: Kai Dührkop, Markus Fleischauer
  • Übungstermine: Mo 8:30 -10:00, SR 3423 EAP

Vorläufiger Ablauf

Termin Themen Folien Übungsblatt Übungsabgabe
Mo 03.04. (V) Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
Mo 10.04. (V) Metriken auf Strings
Do 20.04. (V) Alignment-Problem Folien
Fr 21.04. (Ü) Besprechung Übungsblatt 1  uebung1  20.04.2017
Mo 24.04. (V) Paarweises Al. 1
Do 27.04. (V) Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten Folien
Mo 08.05. (V) Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus Folien
Do 11.05. (V) Scoring-Matrizen und Sequenzevolution Folien
Mo 15.05. (Ü) Besprechung Übungsblatt 2
 uebung2 11.05.2017
Mo 15.05. (V) Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie Folien
Do 18.05. (V)

verlegt auf den 26.06.
Mo 22.05. (Ü) Besprechung Übungsblatt 3  uebung3  18.05.2017
Mo 22.05. (V) Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST  Folien
Mo 29.05. (Ü) Besprechung Übungsblatt 4  uebung4  22.05.2017
Mo 29.05. (V) DIAMOND
Do 01.06. (V) Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP Folien
Do 08.06. (V) Carrillo-Lipman-Schranken Folien
Mo 12.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 5  uebung5 09.06..2017
Mo 12.06. (V) DCA, Center-Star Approximation, FTP Folien
Do 15.06. (V) Progressive Alignments, ClustalW Folien
Mo 19.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 6  uebung6 15.06..2017
Mo 19.06. (V) T-Coffee, DIALIGN, MUMmer Folien
Do 22.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 1 Folien
Mo 26.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 7  uebung7  22.06.2017
Mo 26.06. (V)

Vorlesung vom 18.05.

 Ukkonen-Algorithmus 2
Do 29.06. (V) Suffix-Arrays
Mo 03.07. (Ü) Besprechung Übungsblatt 8  uebung8  26.06.2017
Mo 03.07. (V) Zusammenfassung
Mo 10.07. (Ü) Besprechung Übungsblatt 9  uebung9  06.07.2017

Empfohlene Literatur