Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Mo 14:15 -15:45, SR 130 CZ und Do 14:15 – 15:45, SR 130 CZ
  • Übungsleiter: Markus Fleischauer

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übung Skript
Mo 07.04 V Einführung, Formalitäten
Do 10.04 V Kurze Einführung Graphentheorie  Folien 1
Mo 14.04. Ü Besprechung  Übung 0  Uebung 0
Do 17.04 V Perfekte Phylogenie, Alg. von Gusfield  Folien 2
Mo 21.04. Ostermontag
Do 24.04 V Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg.  Folien 3
Mo 28.04. Ü  Besprechung  Übung 1  Uebung 1
Do 01.05. Tag der Arbeit
Mo 05.05. V Maximum Parsimony Problem, Approximation  Folien 4
Do 08.05. V Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, Wurzelbäume  Folien 5
Mo 12.05. Ü Besprechung  Übung 2  uebung 2
Do 15.05. V Additive Bäume, 4-Punkt Bedingung  Folien 6
Mo 19.05. V Neighbor Joining  Folien 7
Do 22.05. V SplitsTrees 1/2  Folien 8
Mo 26.05. Ü Besprechung  Übung 3  uebung3
Do 29.05. Christi Himmelfahrt
Mo 02.06. V  SplitsTrees 2/2, NeighborNet  Folien 9
Do 05.06. V Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM
Mo 09.06. Pfingstmontag
Do 12.06. V Jukes-Cantor, K2P, GTR, Zeitschätzung  Folien 10
Mo 16.06. V  Maximum Likelihood  Folien 11
Do 19.06. V  Markov Chain Monte Carlo
Mo 23.06. Ü  Besprechung  Übung 4  uebung4
Do 26.06. V  Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit
Mo 30.06. V  Consensus-Bäume  Folien 12
Do 03.07. V Superbäume  Folien 13
Mo 07.07. V Suchheuristiken
Do 10.07. Ü Besprechung  Übung 5  uebung5

Literatur

  • Skript “Algorithms for Phylogenetic Reconstructions” von Sebastian Böcker, Hannes Luz, Sven Rahmann, Jens Stoye, Martin Vingron
  • Knoop und Müller, Gene und Stammbäume, Spektrum Akademischer Verlag, 2006
  • Felsenstein, Inferring Phylogenies, Palgrave Macmillan, 2004