Biologische Netze und Graphalgorithmen

  • Findet nicht statt!
  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Termin: Mo 12:30-14:oo (Vorlesung und Übung im Wechsel)
  • Ort: SR 129 CZ
  • Übungsleiter: Kerstin Scheubert

In dieser Veranstaltung sollen Konzepte und Methoden aus der Graphtheorie, die Einzug in die Analyse von biologischen Netzen gefunden haben, sowie die für solche Repräsentationen entwickelten Algorithmen vorgestellt werden. Beispielsweise wollen wir über die Modellierung von genregulatorischen Netzen, Protein-Protein-Interaktionsnetzen, metabolischen Netzen etc. als Graphen sprechen; Konzepte aus der Graphtheorie wie beispielsweise Petrinetze untersuchen; und uns mit Problemen wie dem Alignment von biologischen Netzen und der Suche nach “interessanten” Teilnetzen beschäftigen.

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übung Skript
07.04 V Themenübersicht
14.04. V Einführung Graphentheorie, Netzwerktypen
21.04. Ostermontag
28.04. Ü Journal Club
05.05. V Erzeugung von Zufallsnetzwerken, Eigenschaften von Netzwerken
12.05. Ü Erzeugung von Zufallsnetzwerken, Eigenschaften von Netzwerken
19.05. V PPI Netzwerke, Schwerste Pfade
26.05. Ü Barabasi-Albert-Modell, PPI Netzwerke, Schwerste Pfade
02.06. V Alignment-Graphen, Bron-Kerbosch-Algorithmus
09.06. Pfingstmontag
16.06. V Teilnetzinferenz oder Netzwerkorientierung oder Vorzeichenannotation
23.06. Ü
30.06. V Motive in Netzwerken
07.07. Ü Motive in Netzwerken