Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Mi 10:15 – 11:45, SR 121 AB 4
  • Übungsleiter: Martin Engler
  • Übungstermin: Do 12:15 – 13:45, SR 121 AB 4
  • Klausur: Mi 06.08.2014 9:30-11:30 Uhr, SR113 CZS3

Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
09.04.2014 Einführung Übung 1 17.04.2014
16.04.2014 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1 Übung 2 24.04.2014
23.04.2014 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2 Übung 3 08.05.2104
30.04.2014 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3
07.05.2014 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4 Übung 4 15.05.2014
14.05.2014 Phylogenetik-Einführung Folien 5 Übung 5 22.05.2014
21.05.2014 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6 Übung 6 05.06.2014
28.05.2014 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7
04.06.2014 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung Übung 7 12.06.2014
11.06.2014 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8 Übung 8 19.06.2014
18.06.2014 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9 Übung 9 03.07.2014
25.06.2014 fällt aus
02.07.2014 RNA-Sekundärstruktur (Nussinov-Algorithmus)  Folien 10
09.07.2014 Retrospektive

Empfohlene Literatur

Skripte
  • Prof. Rolf Backofen: Skript zur Einführung in die Bioinformatik 2a, 2003.
  • Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)