Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10-12 SR 108 AB 4
  • Übungsleiter: Martin Engler
  • Übungstermine: Do 12-14 SR 108 AB 4
  • Klausur: 28.07. 10-12 s.t. (also punkt 10 Uhr!) SR 108 AB 4
  • Hinweis: nicht-programmierfähigen Taschenrechner und Thoska nicht vergessen!

Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
14.04.2015 Einführung Übung 1 23.04.2015
21.04.2015 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1 Übung 2 30.04.2015
28.04.2015 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2 Übung 3 07.05.2015
05.05.2015 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3 Übung 4 21.05.2015
12.05.2015 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4
19.05.2015 Phylogenetik-Einführung Folien 5 Übung 5 28.05.2015
26.05.2015 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6 Übung 6 04.06.2015
02.06.2015 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7 Übung 7 11.06.2015
09.06.2015 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung Übung 8 18.06.2015
16.06.2015 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8 Übung 9 25.06.2015
23.06.2015 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9 Übung 10 02.07.2015
30.06.2015 RNA I Folien 10
07.07.2015 RNA II
14.07.2015 Retrospektive

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)