Termin | Themen | Material | Übungsabgabe |
Mo 08.04. (V) | Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund | | |
Mo 15.04. (V) | Metriken auf Strings | | |
Di 16.04. (Ü) | entfaellt | | |
Do 18.04. (V) | Alignment-Problem | Folien | |
Di 23.04. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 1 (vertr. Marcus Ludwig) | Blatt1 | 18.04.19 |
Do 25.04. (V) | Paarweises Al. 1 | | |
Mo 29.04. (V) | Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten | Folien
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Di 30.04. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 2 | Blatt2 | 25.04.19 |
Mo 06.05. (V) | Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus | Folien | |
Di 07.05. (Ü) | entfaellt | | |
Do 09.05. (V) | Scoring-Matrizen und Sequenzevolution | Folien | |
Mo 13.05. (V) | Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie | Folien
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Di 14.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 3 | Blatt3 | 09.05.19 |
Mo 20.05. (V) | Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST | Folien | |
Di 21.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 4 | Blatt4 | 17.05.19 |
Do 23.05. (V) | DIAMOND | | |
Mo 27.05. (V) | Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP | Folien | |
Di 28.05. (Ü) | keine Uebung | | |
Mo 03.06. (V) | Carrillo-Lipman-Schranken | Folien | |
Di 04.06. (Ü) | keine Uebung | | |
Do 06.06. (V) | DCA, Center-Star Approximation, FTP | Folien | |
Di 11.06 (Ü) | Besprechung Uebung 5 | Blatt5 | 24.05.19 |
Mo 17.06. (V) | Progressive Alignments, ClustalW | Folien | |
Di 18.06. (Ü) | Besprechung Uebung 6 | Blatt6 | 14.06.19 |
Do 20.06. (V) | T-Coffee, DIALIGN, MUMmer | Folien | |
Mo 24.06. (V) | Ukkonen-Algorithmus 1 | Folien | |
Di 25.06. (Ü) | keine Uebung | | |
Mo 01.07. (V) | Ukkonen-Algorithmus 2 | Folien | |
Di 02.07. (Ü) | Besprechung Blatt 7 | Blatt7 | 28.06.19 |
Do 04.07. (V) | Suffix-Arrays | Folien | |
Mo 08.07. (V) | Zusammenfassung | | |
Di 09.07. (Ü) | Besprechung Blatt 8
| Blatt8 | 05.07.19 |