Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermine: Mo 12.30-14.00 Uhr; SR 131 CZ3
  • Vorlesungstermine: Do 08.30-10.00 Uhr; SR 130 CZ3 – (14tgl.)
  • Übungsleiter: Markus Fleischauer
  • Übungstermine: Di 12.30-14:00 Uhr; SR 115 Humboldtstr. 11
  • Beginn: 16.04.19

Vorläufiger Ablauf

TerminThemenMaterialÜbungsabgabe
Mo 08.04. (V) Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
Mo 15.04. (V) Metriken auf Strings
Di 16.04. (Ü)entfaellt
Do 18.04. (V) Alignment-Problem Folien
Di 23.04. (Ü)Besprechung Übungsblatt 1 (vertr. Marcus Ludwig)Blatt118.04.19
Do 25.04. (V) Paarweises Al. 1
Mo 29.04. (V) Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten Folien
Di 30.04. (Ü)Besprechung Übungsblatt 2 Blatt225.04.19
Mo 06.05. (V) Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus Folien
Di 07.05. (Ü)entfaellt
Do 09.05. (V) Scoring-Matrizen und Sequenzevolution Folien
Mo 13.05. (V) Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie Folien
Di 14.05. (Ü)Besprechung Übungsblatt 3Blatt309.05.19
Mo 20.05. (V) Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST Folien
Di 21.05. (Ü)Besprechung Übungsblatt 4Blatt417.05.19
Do 23.05. (V) DIAMOND
Mo 27.05. (V) Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP Folien
Di 28.05. (Ü)keine Uebung
Mo 03.06. (V) Carrillo-Lipman-Schranken Folien
Di 04.06. (Ü)keine Uebung
Do 06.06. (V) DCA, Center-Star Approximation, FTP Folien
Di 11.06 (Ü)Besprechung Uebung 5Blatt524.05.19
Mo 17.06. (V) Progressive Alignments, ClustalW Folien
Di 18.06. (Ü)Besprechung Uebung 6Blatt614.06.19
Do 20.06. (V) T-Coffee, DIALIGN, MUMmer Folien
Mo 24.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 1 Folien
Di 25.06. (Ü)keine Uebung
Mo 01.07. (V) Ukkonen-Algorithmus 2 Folien
Di 02.07. (Ü)Besprechung Blatt 7Blatt728.06.19
Do 04.07. (V) Suffix-Arrays Folien
Mo 08.07. (V) Zusammenfassung
Di 09.07. (Ü) Besprechung Blatt 8
Blatt805.07.19

Empfohlene Literatur