Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
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Vorläufiger Ablauf

TerminThemenFolienÜbungsblattÜbungsabgabe
Mo 03.04. (V)Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
Mo 10.04. (V)Metriken auf Strings
Do 20.04. (V)Alignment-ProblemFolien
Fr 21.04. (Ü)Besprechung Übungsblatt 1 uebung1 20.04.2017
Mo 24.04. (V)Paarweises Al. 1
Do 27.04. (V)Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, KostenFolien
Mo 08.05. (V)Paarweises Al. 3: Hirschberg-AlgorithmusFolien
Do 11.05. (V)Scoring-Matrizen und SequenzevolutionFolien
Mo 15.05. (Ü)Besprechung Übungsblatt 2
uebung211.05.2017
Mo 15.05. (V)Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-TheorieFolien
Do 18.05. (V)   verlegt auf den 26.06.
Mo 22.05. (Ü)Besprechung Übungsblatt 3 uebung3 18.05.2017
Mo 22.05. (V)Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST Folien
Mo 29.05. (Ü)Besprechung Übungsblatt 4 uebung4 22.05.2017
Mo 29.05. (V)DIAMOND
Do 01.06. (V)Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DPFolien
Do 08.06. (V)Carrillo-Lipman-SchrankenFolien
Mo 12.06. (Ü)Besprechung Übungsblatt 5 uebung509.06..2017
Mo 12.06. (V)DCA, Center-Star Approximation, FTPFolien
Do 15.06. (V)Progressive Alignments, ClustalWFolien
Mo 19.06. (Ü)Besprechung Übungsblatt 6 uebung615.06..2017
Mo 19.06. (V)T-Coffee, DIALIGN, MUMmerFolien
Do 22.06. (V)Ukkonen-Algorithmus 1Folien
Mo 26.06. (Ü)Besprechung Übungsblatt 7 uebung7 22.06.2017
Mo 26.06. (V)   Vorlesung vom 18.05. Ukkonen-Algorithmus 2
Do 29.06. (V)Suffix-Arrays
Mo 03.07. (Ü)Besprechung Übungsblatt 8 uebung8 26.06.2017
Mo 03.07. (V)Zusammenfassung
Mo 10.07. (Ü)Besprechung Übungsblatt 9 uebung9 06.07.2017

Empfohlene Literatur