Data Mining und Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Kai Dührkop, Markus Fleischauer
  • Termine: Mo 10:15-11:45h, Fr 12:15-13:45h, Linux-Pool I EAP2

Vorläufiger Ablauf

Termin Thema Folien Aufgaben Daten
15.10. • Organisatorisches
• Wiederholung Linux/Java/OOP
Einfuehrung Leitfaden Projektpraesentation
19.10. • git git
22.10. • gradle gradle
26.10. • Collection
• Beginn Exakte Suche
collections aufgabenExakteSuche dataExactSearch
29.10. Projektarbeit
02.11. Projektarbeit
05.11. Projektarbeit
09.11. • Unit Testing
• JavaDoc
Tests, javadoc
12.11. • Commandline Interfaces
16.11. Projektarbeit
19.11. Projektarbeit
23.11. Projektarbeit
26.11. Projektarbeit
30.11. • Abgabe Exakte Suche
• Vortrag Exakte Suche
Vortrag: Grp03, Grp04
03.12. Beginn Alignments aufgabenAlignments dataAlignments
07.12. Projektarbeit
10.12. Projektarbeit
14.12. Projektarbeit
17.12. Projektarbeit
21.12. Projektarbeit
07.01. Projektarbeit
11.01. Projektarbeit
14.01. • Abgabe Alignments
• Vortrag Alignments
Vortrag: Grp02
18.01. • Beginn Clustering
21.01. Projektarbeit
25.01. Projektarbeit
28.01. Projektarbeit
01.02. Projektarbeit
04.02. Projektarbeit
08.02 Projektarbeit
 (11.02) • Abgabe Clustering
• Vortrag Clustering
Vortrag: Grp01

Die obigen Vortragstermine finden im SR 3423 statt.
Alle anderen Termine finden im Linux-Pool statt!

Links und Literatur

Linux
Einen recht guten Einblick verschafft die Linux Fibel. Besonders am Anfang empfehlenswert sind die Kapitel: “Das Dateisystem”, “Die Bash” und “Nutzerkommandos”.
Java
Allgemeines über Java gibt es auf den offiziellen Seiten.
Java API Dokumentation für Java 6 ist hier zu finden.
Java ist auch eine Insel beschreibt alle Aspekte der Sprache und ist komplett online verfügbar.
Das offizielle Java Forum ist auch ein guter Fundort für Problemlösungen.
Entwicklungs-Umgebungen
Eclipse als eine der großen und mächtigen Java IDEs.
IntelliJ Idea hat bessere Profi-Funktionen, verbraucht allerdings auch wesentlich mehr Ressourcen.
NetBeans ist Oracles offizielle Java IDE.
Algorithmen
The Algorithm Design Manual, Steven S. Skiena, Springer 1998 – Sehr gute Beispiele PDF-Version