Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 348 CZ3
  • Übung: beginnt am 24.10.2018
    • Gruppe 1:
      • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR130
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR131
      • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: 08:30 Uhr – 10:00 Uhr, 14-tägl. (Beginn: 24.10.2018); SR 3423 EAP2

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
16.10. Formales, Ablauf
23.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 0 24.10.2018
24.10. – Tutorium
30.10. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2
06.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3
07.11. – Tutorium
13.11. Z-Algorithmus Folien 4
20.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5
21.11. – Tutorium
27.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6
04.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7
05.12. – Tutorium
11.12. Suffixbäume (I) Folien 8
18.12. Suffixbäume (II) Folien 9
19.12. – Tutorium  
Weihnachtspause
08.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10
15.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11
16.01. – Tutorium
22.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12
29.01. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13
30.01. – Tutorium
05.02.

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)