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Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermine: Mo 14-16h (14tgl. i.W.), SR 225 CZ
  • Vorlesungstermine: Mi 12-14h,SR 385 CZ
  • Übungsleiter: Sascha Winter
  • Übungstermine: Mo 14-16h (14tgl. i.W.), Mo 16-18h, SR 225 CZ
  • Klausur: 27.07.2011, 10:00 -12:00 Uhr, Hörsaal 24, UHG, Fürstengraben 1

 

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übungblatt Übungsabgabe
06.04. Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
11.04. Metriken auf Strings Übung 1 20.04.2011
13.04. Alignment-Problem Vorlesung3
18.04. Paarweises Al. 1
20.04. Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten Folien 20.04. Übung 2 09.05.2011
25.04. Ostermontag
27.04. Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus Folien 27.04.

02.05. Besprechung Übungsblatt 1
04.05. Scoring-Matrizen und Sequenzevolution Folien 02.05.
09.05. Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie Folien 09.05. Übung 3 16.05.2011
11.05. Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST Folien 11.05.
16.05 Besprechung Übungsblatt 2 Übung 4 30.05.2011
18.05. Parametrisches Alignment Folien 18.05.
23.05. Besprechung Übungsblatt 3
25.05. Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP Folien 25.05.
30.05. Carrillo-Lipman-Schranken Folien 30.05. Übung 5 10.06.2011
01.06. DCA, Center-Star Approximation, FTP Vorlesung13
06.06. Besprechung Übungsblatt 4
08.06. Fällt aus!
13.06. Pfingstmontag
15.06. Progressive Alignments, ClustalW Vorlesung14 Übung 6 29.06.2011
20.06. Besprechung Übungsblatt 5
22.06. T-Coffee, DIALIGN, MUMmer Vorlesung15
27.06. Ukkonen-Algorithmus 1 Vorlesung16
29.06. Ukkonen-Algorithmus 2 Vorlesung17 Bonus Übung keiner
04.07. Besprechung Übungsblatt 6
06.07. Suffix-Arrays

Empfohlene Literatur