Bioinformatische Methoden in der Genomforschung

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Letztmalig/aktuell im WiSe 2021/22
  • Nächste Instanz im WiSe 2025/26
  • wegen Personalmangel kann die Veranstaltung im WiSe 2023/24 nicht stattfinden

  • Vorläufiger Ablaufplan


    Termin Themen lecture notes
    		 Exercises Due date
    16.10. Vorlesung: Einführung      
         
    23.10. Vorlesung: BACs sortieren Vorlesung1_Folien Exercise 1
    Übung 1
    Übung       
    30.10. Vorlesung: Microarrays 1 Vorlesung2_folien

    Exercise 2
    Übung 2
    Tutorium      
    Übung      
    06.11. Vorlesung: Microarrays 2 Vorlesung3_Folien

    Exercise 3
    Übung 3
    Übung      
    13.11. Vorlesung: Datenanalyse + Hierarchisches Clustern Vorlesung4_Folien Exercise 4
    Übung 4
    Übung      
    20.11. Vorlesung: k-means, Cluster Editing, TransClust Vorlesung5_Folien Exercise 5
    Übung 5
    Übung      
    27.11. Vorlesung: Synthenie, vergleichende Genomik Vorlesung6_Folien Exercise 6
    Übung 6
    Übung      
    04.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 1 Vorlesung7_Folien Exercise 7
    Übung 7
    Übung      
    11.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 2 Vorlesung8_Folien Exercise 8
    Übung 8
    Übung      
         
         
    18.12. Vorlesung: Connecting Intervals Vorlesung9_Folien Exercise 9
    Übung 9
    Übung      
    08.01. Vorlesung: Gencluster II Vorlesung10_Folien Exercise 10
    Übung 10
    Übung      
    15.01. Vorlesung: Motif Finding Problem Vorlesung11_Folien Exercise 11
    Übung 11
    Übung      
    22.01. Vorlesung: Gibbs-Sampler   Exercise 12
    Übung 12    		  
    Übung      
    29.01. Vorlesung: Expectation Maximization      
    Übung      

    Literatur

    • zu Physical Mapping: Skript Algorithmen der Bioinformatik von Volker Sperschneider, Kapitel 1 sowie Skript Algorithmische Bioinformatik I/II von Volker Heun, Kapitel 6
    • zu Sorting by Reversals: Kapitel “The inversion distance problem” von Anne Bergeron, Julia Mixtacki und Jens Stoye, Kapitel 10 in “Mathematics of Evolution and Phylogeny”, edited by Olivier Gascuel