Bioinformatische Methoden in der Genomforschung

• Veranstalter: Sebastian Böcker
• Letztmalig/aktuell im WiSe 2025/26
• Nächste Instanz im WiSe 2027/28

• Vorlesung:
• Ort:
• Übungsleiter: Nils Haupt
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Vorläufiger Ablaufplan

Termin	Themen	Lecture notes	Exercises	Due date
	Vorlesung: Einführung
	Vorlesung: BACs sortieren	Vorlesung1_Folien	Exercise 1 Übung 1
	Vorlesung: Microarrays 1	Vorlesung2_folien	Exercise 2 Übung 2
	Vorlesung: Microarrays 2	Vorlesung3_Folien	Exercise 3 Übung 3
	Vorlesung: Datenanalyse + Hierarchisches Clustern	Vorlesung4_Folien	Exercise 4 Übung 4
	Vorlesung: k-means, Cluster Editing, TransClust	Vorlesung5_Folien	Exercise 5 Übung 5
	Vorlesung: Synthenie, vergleichende Genomik	Vorlesung6_Folien	Exercise 6 Übung 6
	Vorlesung: Sorting by Inversions 1	Vorlesung7_Folien	Exercise 7 Übung 7
	Vorlesung: Sorting by Inversions 2	Vorlesung8_Folien	Exercise 8 Übung 8
	Vorlesung: Connecting Intervals	Vorlesung9_Folien	Exercise 9 Übung 9
	Vorlesung: Gencluster II	Vorlesung10_Folien	Exercise 10 Übung 10
	Vorlesung: Motif Finding Problem	Vorlesung11_Folien	Exercise 11 Übung 11
	Vorlesung: Gibbs-Sampler		Exercise 12 Übung 12
	Vorlesung: Expectation Maximization

Literatur

• zu Physical Mapping: Skript Algorithmen der Bioinformatik von Volker Sperschneider, Kapitel 1 sowie Skript Algorithmische Bioinformatik I/II von Volker Heun, Kapitel 6
• zu Sorting by Reversals: Kapitel “The inversion distance problem” von Anne Bergeron, Julia Mixtacki und Jens Stoye, Kapitel 10 in “Mathematics of Evolution and Phylogeny”, edited by Olivier Gascuel