Einführung in die Bioinformatik I-1 | Lehrstuhl Bioinformatik Jena

Vorlesung: Dienstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr; SR 225 CZ3
Tutorium: Donnerstag, 14:15 – 15:45 Uhr (14 tägl.); SR 3423 EAP2
(24.10.24 / 07.11.24 / 21.11.24 / 05.12.24 / 19.12.24 / 16.01.25 / 30.01.25)
Übungen
- Gruppe 1:
  - Übungsleiter: Dr. Emanuel Barth
  - Donnerstag, 12:15 Uhr – 13:45 Uhr; JenTower 8te Etage, Seminarraum 08N04
- Gruppe 2:
  - Übungsleiter: Jonas Emmert
  - Donnerstag, 12.15 Uhr – 13:45 Uhr; Ernst-Abbe-Platz 2, Seminarraum 3423

Datum	Thema	Folien	Übungsblatt
15.10.	Formales, Ablauf
22.10.	Einführung Molekularbiologie	Folien 1	Übung 1
29.10.	Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche	Folien 2	Übung 2
05.11.	Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation)	Folien 3	Übung 3
12.11.	Z-Algorithmus	Folien 4	Übung 4
19.11.	Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus	Folien 5	Übung 5
26.11.	KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I)	Folien 6	Übung 6
03.12.	Boyer-Moore-Algorithmus (II)	Folien 7	Übung 7
10.12.	Suffixbäume (I)	Folien 8	Übung 8
17.12.	Suffixbäume (II)	Folien 9	Übung 9
Weihnachtspause
07.01.	Suffixbäume – Anwendungen	Folien 10	Übung 10
14.01.	Globales Alignment mit Kosten (I)	Folien 11	Übung 11
21.01.	Globales Alignment mit Kosten (II)	Folien 12	Übung 12
28.01.	Alignments mit variablen Gap-Kosten	Folien 13
04.02.	Zusammenfassung

Prof. Rolf Backofen: Skript zur Einführung in die Bioinformatik 1a, 2003.
Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.

Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)