- Veranstalter: Peter Dittrich
- Letztmalig/aktuell im WiSe 2026/27
- Nächste Instanz geplant im WiSe 2027/28
- Vorlesung: Dienstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr
- Tutorium: Donnerstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr; 14 tägl.- CIP HS E005
Beginn: - Übungen
- Aufgaben im Moodle
- Gruppe 1:
- Übungsleiter: Emanuel Barth
- Donnerstag 12:15 – 13:45, CIP SR 1086
- Start:
- Gruppe 2:
- Übungsleiter: Jonas Emmert
- Freitag 08:15 – 9:45, CIP SR 1085
- Start:
Vorläufiger Vorlesungsplan
| Datum | Thema | Folien | Übungsblatt | Abgabe am |
|---|---|---|---|---|
| 20.10. | Formales, Ablauf | |||
| 27.10. | Einführung Molekularbiologie | Folien 1 | Übung 1 | |
| 03.11. | Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche | Folien 2 | Übung 2 | |
| 10.11. | Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) | Folien 3 | Übung 3 | |
| 17.11. | Z-Algorithmus | Folien 4 | Übung 4 | |
| 24.11. | Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus | Folien 5 | Übung 5 | |
| 01.12. | KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) | Folien 6 | Übung 6 | |
| 08.12. | Boyer-Moore-Algorithmus (II) | Folien 7 | Übung 7 | |
| 15.12. | Suffixbäume (I) | Folien 8 | Übung 8 | |
| Weihnachtspause | ||||
| 05.01. | Suffixbäume (II) | Folien 9 | Übung 9 | |
| 12.01. | Suffixbäume – Anwendungen | Folien 10 | Übung 10 | |
| 19.01. | Globales Alignment mit Kosten (I) | Folien 11 | Übung 11 | |
| 26.01. | Globales Alignment mit Kosten (II) | Folien 12 | Übung 12 | |
| 02.02. | Alignments mit variablen Gap-Kosten | Folien 13 | ||
| 09.02. | Zusammenfassung |
Empfohlene Literatur
- Skripte
- Prof. Rolf Backofen: Skript zur Einführung in die Bioinformatik 1a, 2003.
- Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.
- Grundlagenwerke
- Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
- Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
- Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)