- Veranstalter: Sebastian Böcker
- Letztmalig/aktuell im WiSe 2022/23
- Nächste Instanz geplant im WiSe 2023/24
- Vorlesung: Dienstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr; SR 225 CZ3
- Tutorium:
- Übungen
- Gruppe 1:
- Übungsleiter: Emanuel Barth
- Donnerstag, 14:15 Uhr – 15:45 Uhr; SR 123 CZ3
- Gruppe 2:
- Übungsleiter: Nils Haupt
- Donnerstag, 14:15 Uhr – 15:45 Uhr; SR 131 CZ3
- Gruppe 1:
Vorläufiger Vorlesungsplan
| Datum | Thema | Folien | Übungsblatt | Abgabe am |
|---|---|---|---|---|
| 17.10. | Formales, Ablauf | |||
| 24.10. | Was ist Bioinformatik? | Folien 1 | Übung 1 | |
| 07.11. | Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche | Folien 2 | Übung 2 | |
| 14.11. | Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) | Folien 3 | Übung 3 | |
| 21.11. | Z-Algorithmus | Folien 4 | Übung 4 | |
| 28.11. | Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus | Folien 5 | Übung 5 | |
| 05.12. | KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) | Folien 6 | Übung 6 | |
| 12.12. | Boyer-Moore-Algorithmus (II) | Folien 7 | Übung 7 | |
| 19.12. | Suffixbäume (I) | Folien 8 | Übung 8 | |
| Weihnachtspause | ||||
| 09.01. | Suffixbäume (II) | Folien 9 | Übung 9 | |
| 16.01. | Suffixbäume – Anwendungen | Folien 10 | Übung 10 | |
| 23.01. | Globales Alignment mit Kosten (I) | Folien 11 | Übung 11 | |
| 30.01. | Globales Alignment mit Kosten (II) | Folien 12 | Übung 12 | |
| 06.02. | Alignments mit variablen Gap-Kosten | Folien 13 | ||
| Zusammenfassung | ||||
Empfohlene Literatur
- Skripte
- Prof. Rolf Backofen: Skript zur Einführung in die Bioinformatik 1a, 2003.
- Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.
- Grundlagenwerke
- Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
- Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
- Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)