- Veranstalter: Sebastian Böcker
- Letztmalig/aktuell im SoSe 2023
- Nächste Instanz geplant im SoSe 2025
- Beginn: Donnerstag, 06.04.2023
- Vorlesungstermine: Mo 12:30 – 14:00 Uhr (ca alle zwei Wochen) und Do 12:30 – 14:00 Uhr, SR 114 AB4
- Übungsleiter: Fleming Kretschmer, Nils A. Haupt
- Übungstermine
1. Übungsgruppe: Mo 10:15 – 11:45 Uhr, SR 3423, EAP2
2. Übungsgruppe: Do 10:15 – 11:45 Uhr, SR 3423, EAP2 - Beginn: 20.04.23/24.04.23
- Die Übungsserien sind auf Moodle verfügbar und abzugeben
- Termin der Klausur: 3. August 2023, 10:00-12:00 Uhr, SR 113 CZ3
Ablaufplan
| Termin | Themen | Material | Übungsabgabe |
| 06.04.23 | Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund | ||
| 13.04.23 | Metriken auf Strings | ||
| 17.04.23 | Alignment-Problem | Folien | |
| 20.04.23 | Paarweises Alignment 1 | ||
| 20.04./24.04. | Übung | 1. Übung | |
| 24.04.23 | Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten | Folien | |
| 27.04.23 | Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus | Folien | |
| 27.04./08.05. | Übung | 2. Übung | |
| 04.05.23 | Scoring-Matrizen und Sequenzevolution | Folien | |
| 04.05./08.05. | Übung | 3. Übung | |
| 11.05.23 | Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie | Folien | |
| 11.05./15.05. | Übung | 4. Übung | |
| 15.05.23 | Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST | Folien | |
| 25.05.23 | DIAMOND | Folien | |
| 22.05./25.05. | Übung | 5. Übung | |
| 01.06.23 | Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP | Folien | |
| 25.05./05.06. | Übung | 6. Übung | |
| 05.06.23 | Carrillo-Lipman-Schranken | Folien | |
| 01.06./05.06. | Übung | 7. Übung | |
| 08.06.23 | DCA, Center-Star Approximation, FPT | Folien | |
| 15.06.23 | Progressive Alignments, ClustalW | Folien | |
| 08.06./12.06. | Übung | 7. Übung | |
| 19.06.23 | T-Coffee, DIALIGN, MUMmer | Folien | |
| 15.06./19.05. | Übung | 8. Übung | |
| 22.06.23 | Ukkonen-Algorithmus 1 | Folien | |
| 22.06./26.06. | Übung | 9. Übung | |
| 29.06.23 | Ukkonen-Algorithmus 2 | Folien | |
| 29.06./03.07. | Übung | 10. Übung | |
| 03.07.23 | Suffix-Arrays | Folien | |
| 06.07.23 | Zusammenfassung |
Empfohlene Literatur
- Jens Stoye, Sven Rahmann: Sequence Analysis I + II
- Sven Rahmann, Spezielle Methoden und Anwendungen der Statistik in der Bioinformatik
- Stefan Kurtz, Foundations of Sequence Analysis
Weiterführende Literatur
- Gonzalo Navarro, Mathieu Raffinot. Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press. ISBN-10: 0521039932
- Dan Gusfield. Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press. ISBN-10: 0521585198
-
Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu. Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing. Cambridge University Press (2015). ISBN-10: 1107078539