- Veranstalter: Sebastian Böcker
- Vorlesungstermine: Do 14-16h, SR 130 CZ3
- Vorlesungstermine: Mo 14-16h (14tgl.), SR 121 AB 4
- Übungsleiter: Marcus Ludwig, Kerstin Scheubert
- Übungstermine: Mo 16-18h, SR 227 CZ3
Vorläufige Ablauf
Termin | Themen | Folien | Übungsblatt | Übungsabgabe |
Mo 13.04. (V) | Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund | |||
Do 16.04. (V) | Metriken auf Strings | |||
Mo 20.04. (Ü) | Ausgabe Übungsblatt 1 | Übung 1 | 27.04. | |
Do 23.04. (V) | Alignment-Problem | Folien | ||
Mo 27.04. (V) | Paarweises Al. 1 | |||
Mo 27.04. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 1 | Übung 2 | 04.05. | |
Do 30.04. (V) | Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten | Folien | ||
Mo 04.05. (V) (statt Do 07.05.) |
Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus | Folien | ||
Mo 04.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 2 | Übung 3 | ||
Do 07.05. (V) | vorverlegt | |||
Mo 11.05. (V) | Scoring-Matrizen und Sequenzevolution | Folien | ||
Mo 11.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 3 | Übung 4 | ||
Do 14.05. | Christi Himmelfahrt | |||
Mo 18.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 4 | Übung 5 | ||
Do 21.05. (V) | Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie | Folien | ||
Mo 25.05. | Pfingstmontag | |||
Do 28.05. (V) | Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST | Folien | ||
Mo 01.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 5 | Übung 6 | ||
Do 04.06. (V) | DIAMOND | |||
Mo 08.06. (V) | Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP | Folien | ||
Mo 08.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 6 | Übung 7 | ||
Do 11.06. (V) | Carrillo-Lipman-Schranken | Folien | ||
Mo 15.06. (V) (statt Do 02.07.) |
DCA, Center-Star Approximation, FTP | Folien | ||
Mo 15.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 7 | Übung 8 | ||
Do 18.06. (V) | Progressive Alignments, ClustalW | Folien | ||
Mo 22.06. (V) | T-Coffee, DIALIGN, MUMmer | Folien | ||
Mo 22.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 8 | Übung 9 | ||
Do 25.06. (V) | Ukkonen-Algorithmus 1 | Folien | ||
Mo 29.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 9 | Übung 10 | ||
Do 02.07. (V) | vorverlegt | |||
Mo 06.07. (V) | fällt aus | |||
Mo 06.07. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 10 | |||
Do 09.07. (V) | fällt aus | |||
Mo 13.07. (V) | Ukkonen-Algorithmus 2 | |||
Mo 13.07. (Ü) | eventuell Wiederholung | |||
Do 16.07. (V) | Suffix-Arrays |
Empfohlene Literatur
- Prof. Jens Stoye, Prof. Sven Rahmann: Skript “Sequence Analysis I + II”