Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermine: Do 14-16h, SR 130 CZ3
  • Vorlesungstermine: Mo 14-16h (14tgl.), SR 121 AB 4
  • Übungsleiter: Marcus Ludwig, Kerstin Scheubert
  • Übungstermine: Mo 16-18h, SR 227 CZ3

Vorläufige Ablauf

 

Termin Themen Folien Übungsblatt Übungsabgabe
Mo 13.04. (V) Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
Do 16.04. (V) Metriken auf Strings
Mo 20.04. (Ü) Ausgabe Übungsblatt 1 Übung 1 27.04.
Do 23.04. (V) Alignment-Problem Folien
Mo 27.04. (V) Paarweises Al. 1
Mo 27.04. (Ü) Besprechung Übungsblatt 1 Übung 2 04.05.
Do 30.04. (V) Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten Folien
Mo 04.05. (V)
(statt Do 07.05.)
Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus Folien
Mo 04.05. (Ü) Besprechung Übungsblatt 2 Übung 3
Do 07.05. (V) vorverlegt
Mo 11.05. (V) Scoring-Matrizen und Sequenzevolution Folien
Mo 11.05. (Ü) Besprechung Übungsblatt 3 Übung 4
Do 14.05. Christi Himmelfahrt
Mo 18.05. (Ü) Besprechung Übungsblatt 4 Übung 5
Do 21.05. (V) Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie Folien
Mo 25.05. Pfingstmontag
Do 28.05. (V) Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST Folien
Mo 01.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 5 Übung 6
Do 04.06. (V) DIAMOND
Mo 08.06. (V) Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP Folien
Mo 08.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 6 Übung 7
Do 11.06. (V) Carrillo-Lipman-Schranken  Folien
Mo 15.06. (V)
(statt Do 02.07.)
DCA, Center-Star Approximation, FTP Folien
Mo 15.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 7 Übung 8
Do 18.06. (V) Progressive Alignments, ClustalW Folien
Mo 22.06. (V) T-Coffee, DIALIGN, MUMmer Folien
Mo 22.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 8 Übung 9
Do 25.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 1 Folien
Mo 29.06. (Ü) Besprechung Übungsblatt 9 Übung 10
Do 02.07. (V) vorverlegt
Mo 06.07. (V) fällt aus
Mo 06.07. (Ü) Besprechung Übungsblatt 10
Do 09.07. (V) fällt aus
Mo 13.07. (V) Ukkonen-Algorithmus 2
Mo 13.07. (Ü) eventuell Wiederholung
Do 16.07. (V) Suffix-Arrays

Empfohlene Literatur