Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3
  • Übungstermin: Do 14:15-15:45
  • Übung
    • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Raum: SR 1 (TO, 113), Lessingstrasse 8
  • Tutorium: Fr 14:15 – 15:45 Uhr (14- tägl.), SR 125 CZ3
  • Klausur: 03.08.2016 10-12 s.t. (also punkt 10 Uhr!) SR025 AB 4
  • Hinweis: nicht-programmierfähigen Taschenrechner und Thoska nicht vergessen!

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
05.04.2016 Einführung  Übung 1  14.04.2016
12.04.2016 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1  Übung 2  21.04.2016
19.04.2016 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2  Übung 3  28.04.2016
26.04.2016 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3  Übung 4 12.05.2016
03.05.2016 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4
10.05.2016 Phylogenetik-Einführung Folien 5  Übung 5  19.05.2016
17.05.2016 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6 Übung 6 26.05.2016
24.05.2016 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7  Übung 7  02.06.2016
 31.05.2016 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung Übung 8  09.06.2016
07.06.2016 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8  Übung 9 16.06.2016
14.06.2016 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9 Übung 10 23.06.2016
21.06.2016 RNA I Folien 10  Übung 11  07.07.2016
28.06.2016 RNA II
05.07.2016 Retrospektive

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)