Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3
  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Übungstermin:
    • Gruppe 1: Do 14:15 – 15:45h, SR 314, CZ3
    • Gruppe 2: Do 14:15 – 15:45h, SR 131, CZ3
  • Übungsleiter: Marcus Ludwig, E. Barth
  • Tutorium: (14- tägl.; Beginn: 20.04.): Do 12:30 – 14:00h, SR 3423 EAP2

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
04.04.2017 Einführung Übung 1 13.04.2017
11.04.2017 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1 Übung 2 20.04.2017
18.04.2017 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2 Übung 3 27.04.2017
20.04.2017 – Tutorium
25.04.2017 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3  Übung 4 04.05.2017
27.04.2017 – Tutorium
02.05.2017 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4  Übung 5 11.05.2017
09.05.2017 Phylogenetik-Einführung Folien 5  Übung 6 18.05.2017
11.05.2017 – Tutorium
16.05.2017 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6 Übung 7 01.06.2017
23.05.2017 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7
30.05.2017 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung
01.06.2017 – Tutorium
06.06.2017 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8
13.06.2017 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9
15.06.2017 – Tutorium
20.06.2017 RNA I Folien 10
29.06.2017 – Tutorium
27.06.2017 RNA II
04.07.2017 Retrospektive
06.07.2017 – Tutorium

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)