Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3
  • Übungstermin: Do 14:15 – 15:45h, SR 131, CZ3
    • Übungsleiter: Marcus Ludwig
  • Tutorium: (14- tägl.) – Termin wird in der 1. Vorlesung festgelegt!

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
04.04.2017 Einführung Übung 1
11.04.2017 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1 Übung 2
18.04.2017 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2 Übung 3
25.04.2017 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3 Übung 4
02.05.2017 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4
09.05.2017 Phylogenetik-Einführung Folien 5 Übung 5
16.05.2017 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6 Übung 6
23.05.2017 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7 Übung 7
30.05.2017 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung Übung 8
06.06.2017 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8 Übung 9
13.06.2017 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9 Übung 10
20.06.2017 RNA I Folien 10 Übung 11
27.06.2017 RNA II
04.07.2017 Retrospektive

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)