Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermine: Mo 12.30-14.00h, SR 123 CZ3
  • Vorlesungstermine: Do 08.30-10.00h (14tgl.), SR 123 CZ3
  • Übungsleiter: Kai Dührkop, Markus Fleischauer
  • Übungstermine (Beginn: 21.04.): Fr 14.30-16.00h, SR 3423 EAP

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übungsblatt Übungsabgabe
Mo 03.04. (V) Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
Mo 10.04. (V) Metriken auf Strings
Do 20.04. (V) Alignment-Problem Folien
Fr 21.04. (Ü) Besprechung Übungsblatt 1  uebung1  20.04.2017
Mo 24.04. (V) Paarweises Al. 1
Do 27.04. (V) Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten Folien
Mo 08.05. (V) Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus Folien
Do 11.05. (V) Scoring-Matrizen und Sequenzevolution Folien
Fr 21.04. (Ü) Besprechung Übungsblatt 2
uebung2 11.05.2017
Mo 15.05. (V) Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie Folien
Do 18.05. (V) Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST Folien
Mo 22.05. (V) DIAMOND
Mo 29.05. (V) Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP Folien
Do 01.06. (V) Carrillo-Lipman-Schranken Folien
Do 08.06. (V) DCA, Center-Star Approximation, FTP Folien
Mo 12.06. (V) Progressive Alignments, ClustalW Folien
Do 15.06. (V) T-Coffee, DIALIGN, MUMmer Folien
Mo 19.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 1 Folien
Mo 22.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 2
Mo 03.07. (V) Suffix-Arrays

Empfohlene Literatur