Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermine: Mo 12.30-14.00h, SR 123 CZ3
  • Vorlesungstermine: Do 08.30-10.00h (14tgl.), SR 123 CZ3
  • Übungsleiter: Kai Dührkop, Markus Fleischauer
  • Übungstermine: wird in der 1. Veranstaltung festgelegt!

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übungsblatt Übungsabgabe
Mo 03.04. (V) Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
Do 06.04. (V) Metriken auf Strings
(Ü) Ausgabe Übungsblatt 1
Mo 10.04. (V) Alignment-Problem Folien
Do 20.04. (V) Paarweises Al. 1
(Ü) Besprechung Übungsblatt 1
Mo 24.04. (V) Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten Folien
Do 27.04. (V) Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus Folien
(Ü) Besprechung Übungsblatt 2
Mo 08.05. (V) Scoring-Matrizen und Sequenzevolution Folien
Do 11.05. (V) Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie Folien
(Ü) Besprechung Übungsblatt 3
Mo 15.05. (V) Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST Folien
Do 18.05. (V) DIAMOND
(Ü) Besprechung Übungsblatt 4
Mo 22.05. (V) Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP Folien
Mo 29.05. (V) Carrillo-Lipman-Schranken Folien
(Ü) Besprechung Übungsblatt 5
Do 01.06. (V) DCA, Center-Star Approximation, FTP Folien
Do 08.06. (V) Progressive Alignments, ClustalW Folien
(Ü) Besprechung Übungsblatt 6
Mo 12.06. (V) T-Coffee, DIALIGN, MUMmer Folien
Mo 19.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 1 Folien
(Ü) Besprechung Übungsblatt 7
Mo 22.06. (V) Ukkonen-Algorithmus 2
Mo 03.07. (V) Suffix-Arrays
(Ü) Besprechung Übungsblatt 8

Empfohlene Literatur