- Veranstalter: Sebastian Böcker
- Vorlesungstermine: Mo 12.30-14.00h, SR 123 CZ3
- Vorlesungstermine: Do 08.30-10.00h (14tgl.), SR 123 CZ3
- Übungsleiter: Kai Dührkop, Markus Fleischauer
- Übungstermine: Mo 8:30 -10:00, SR 3423 EAP
Vorläufiger Ablauf
Termin | Themen | Folien | Übungsblatt | Übungsabgabe |
Mo 03.04. (V) | Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund | |||
Mo 10.04. (V) | Metriken auf Strings | |||
Do 20.04. (V) | Alignment-Problem | Folien | ||
Fr 21.04. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 1 | uebung1 | 20.04.2017 | |
Mo 24.04. (V) | Paarweises Al. 1 | |||
Do 27.04. (V) | Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten | Folien | ||
Mo 08.05. (V) | Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus | Folien | ||
Do 11.05. (V) | Scoring-Matrizen und Sequenzevolution | Folien | ||
Mo 15.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 2 |
uebung2 | 11.05.2017 | |
Mo 15.05. (V) | Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie | Folien | ||
Do 18.05. (V)
verlegt auf den 26.06. |
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Mo 22.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 3 | uebung3 | 18.05.2017 | |
Mo 22.05. (V) | Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST | Folien | ||
Mo 29.05. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 4 | uebung4 | 22.05.2017 | |
Mo 29.05. (V) | DIAMOND | |||
Do 01.06. (V) | Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP | Folien | ||
Do 08.06. (V) | Carrillo-Lipman-Schranken | Folien | ||
Mo 12.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 5 | uebung5 | 09.06..2017 | |
Mo 12.06. (V) | DCA, Center-Star Approximation, FTP | Folien | ||
Do 15.06. (V) | Progressive Alignments, ClustalW | Folien | ||
Mo 19.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 6 | uebung6 | 15.06..2017 | |
Mo 19.06. (V) | T-Coffee, DIALIGN, MUMmer | Folien | ||
Do 22.06. (V) | Ukkonen-Algorithmus 1 | Folien | ||
Mo 26.06. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 7 | uebung7 | 22.06.2017 | |
Mo 26.06. (V)
Vorlesung vom 18.05. |
Ukkonen-Algorithmus 2 | |||
Do 29.06. (V) | Suffix-Arrays | |||
Mo 03.07. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 8 | uebung8 | 26.06.2017 | |
Mo 03.07. (V) | Zusammenfassung | |||
Mo 10.07. (Ü) | Besprechung Übungsblatt 9 | uebung9 | 06.07.2017 |
Empfohlene Literatur
- Prof. Jens Stoye, Prof. Sven Rahmann: Skript “Sequence Analysis I + II”