- Veranstalter: Sebastian Böcker
- Vorlesungstermin:
- Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 128 CZ3 + Donnerstag, 08.30 – 10.00 Uhr; SR 130 CZ3 (14-tägl.)
- Übungsleiter: Markus Fleischauer
- Donnerstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 123 CZ3
- mündliche Prüfung: 02.08.2018 & 09.08.2018 – Liste liegt im Sekretariat
Vorläufige Ablauf
| Termin | Themen | Folien | Übung (Abgabe) |
| Mo 09.04. V | Einführung, Formalitäten | ||
| Do 12.04. V | Kurze Einführung Graphentheorie | Folien 1 | |
| Do 12.04. Ü | verschoben | ||
| Mo 16.04. V | Perfekte Phylogenie, Alg. von Gusfield | Folien 2 | |
| Do 19.04. Ü | Besprechung Übung 0 | uebung0 | |
| Mo 23.04. V | Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg. | Folien 3 | uebung1 |
| Do 26.04. V | Maximum Parsimony Problem, Approximation | Folien 4 | |
| Do 26.04. Ü | Besprechung Übung 1 | ||
| Do 03.05. V | Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, Wurzelbäume | Folien 5 | |
| Do 03.05. Ü | Besprechung Übung 2 | uebung2
Abgabe: Mo 30.04 EAP R2425 |
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| Mo 07.05. V | Additive Bäume, 4-Punkte Bedingung | Folien 6 | |
| Do 10.05. | Feiertag Christi Himmelfahrt | ||
| Do 17.05. V | Neighbor Joining | ||
| Do 17.05. Ü | Besprechung Übung 3 | uebung3
Abgabe: Mo 15.05 EAP R2425 |
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| Mo 21.05. | Feiertag Pfingstmontag | ||
| Do 24.05. V | SplitsTrees 1/2 | Folien 7 | |
| Do 24.05. Ü | KEINE Uebung | ||
| Mo 28.05. V | SplitsTrees 2/2, NeighborNet | Folien 8 | uebung4 |
| Do 31.05. Ü | KEINE Übung | ||
| Mo 04.06. V | Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM | Folien 9 | |
| Do 07.06. V | Jukes-Cantor, K2P, GTR, Zeitschätzung | Folien 10 | |
| Do 07.06. Ü | Besprechung Übung 4 | ||
| Mo 11.06. V | Maximum Likelihood | Folien 11 | |
| Do 14.06. Ü | keine Uebung | ||
| Do 21.06. V | Markov Chain Monte Carlo | ||
| Do 21.06. Ü | Besprechung Übung 5 | uebung5
Abgabe: Mo 18.06 EAP R2425 |
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| Mo 25.06. V | Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit | ||
| Do 28.06. V | Consensus-Bäume | Folien 12 | |
| Do 28.06. Ü | keine Uebung | ||
| Mo 02.07. V | Superbäume | Folien 13 | |
| Do 05.07. V | Suchheuristiken | ||
| Do 05.07. Ü | Besprechung Übung 6 | uebung6
Abgabe: MI 04.06 bis 10:00 EAP R2425 |
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| Mo 09.07. V | Zusammenfassung / Prüfungsvorbereitung | ||
| Do 12.07. Ü | Tutorium (bei bedarf) |
Literatur
- Skript“Algorithms for Phylogenetic Reconstructions” von Sebastian Böcker, Hannes Luz, Sven Rahmann, Jens Stoye, Martin Vingron
- Knoop und Müller, Gene und Stammbäume, Spektrum Akademischer Verlag, 2006
- Felsenstein, Inferring Phylogenies, Palgrave Macmillan, 2004