Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin:
    • Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 128 CZ3 + Donnerstag, 08.30 – 10.00 Uhr; SR 130 CZ3 (14-tägl.)
  • Übungsleiter: Markus Fleischauer
    • Donnerstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 123 CZ3
  • mündliche Prüfung: 02.08.2018 & 09.08.2018 – Liste liegt im Sekretariat

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übung (Abgabe)
Mo 09.04. V Einführung, Formalitäten
Do 12.04. V Kurze Einführung Graphentheorie  Folien 1
Do 12.04. Ü verschoben
Mo 16.04. V Perfekte Phylogenie, Alg. von Gusfield Folien 2
Do 19.04. Ü Besprechung  Übung 0  uebung0
Mo 23.04. V Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg. Folien 3  uebung1
Do 26.04. V Maximum Parsimony Problem, Approximation Folien 4
Do 26.04. Ü Besprechung Übung 1
Do 03.05. V Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, Wurzelbäume Folien 5
Do 03.05. Ü Besprechung Übung 2  uebung2

Abgabe: Mo 30.04 EAP R2425

Mo 07.05. V Additive Bäume, 4-Punkte Bedingung Folien 6
Do 10.05. Feiertag Christi Himmelfahrt
Do 17.05. V Neighbor Joining
Do 17.05. Ü Besprechung Übung 3  uebung3

Abgabe: Mo 15.05 EAP R2425

Mo 21.05. Feiertag Pfingstmontag
Do 24.05. V SplitsTrees 1/2 Folien 7
Do 24.05. Ü KEINE Uebung
Mo 28.05. V SplitsTrees 2/2, NeighborNet Folien 8   uebung4
Do 31.05. Ü KEINE  Übung
Mo 04.06. V Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM Folien 9
Do 07.06. V Jukes-Cantor, K2P, GTR, Zeitschätzung Folien 10
Do 07.06. Ü Besprechung Übung 4
Mo 11.06. V Maximum Likelihood Folien 11
Do 14.06. Ü keine Uebung
Do 21.06. V Markov Chain Monte Carlo
Do 21.06. Ü Besprechung Übung 5 uebung5

Abgabe: Mo 18.06 EAP R2425

Mo 25.06. V Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit
Do 28.06. V Consensus-Bäume Folien 12
Do 28.06. Ü keine Uebung
Mo 02.07. V Superbäume Folien 13
Do 05.07. V Suchheuristiken
Do 05.07. Ü Besprechung Übung 6
Mo 09.07. V Zusammenfassung / Prüfungsvorbereitung
Do 12.07. Ü Tutorium (bei bedarf)

 Literatur

  • Skript“Algorithms for Phylogenetic Reconstructions” von Sebastian Böcker, Hannes Luz, Sven Rahmann, Jens Stoye, Martin Vingron
  • Knoop und Müller, Gene und Stammbäume, Spektrum Akademischer Verlag, 2006
  • Felsenstein, Inferring Phylogenies, Palgrave Macmillan, 2004