Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3
  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Übung:
    • erster Termin am 19.04.
    • Gruppe 1:
      • Do 14:15 – 15:45h, SR 3423 EAP
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Do 14:15 – 15:45h, CZ3 SR131
      • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: (14- tägl.):  voraussichtlich Mo 14.15 – 16.15
  • Klausur (schriftlich): Dienstag, 07.08.2018. voraussichtlich  von 10 – 12 Uhr. Raum wird noch bekanntgegeben.

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
10.04.2018 Einführung  Übung 1  19.04.2018
17.04.2018 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1  Übung 2  26.04.2018
24.04.2018 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2
01.05.2018  Feiertag
08.05.2018 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3
15.05.2018 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4
22.05.2018 Phylogenetik-Einführung Folien 5
29.05.2018 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6
05.06.2018 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7
12.06.2018 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung
19.06.2018 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8
26.06.2018 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9
03.07.2018 RNA I Folien 10
10.07.2018 RNA II + Retrospektive

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)