Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3
  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Übungstermin: Do 14:15 – 15:45h, SR 131, CZ3
  • Übungsleiter: Marcus Ludwig
  • Tutorium: (14- tägl.): Termin wird in der 1. Vorlesung festgelegt

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
10.04.2018 Einführung Übung 1
17.04.2018 Lokale Alignments, Profil-Alignments Folien 1 Übung 2
24.04.2018 Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph Folien 2 Übung 3
01.05.2018  Feiertag
08.05.2018 Multiple Alignments II: Dijkstra Folien 3  Übung 4
15.05.2018 Progressive Alignments, Feng-Doolittle Folien 4  Übung 5
22.05.2018 Phylogenetik-Einführung Folien 5  Übung 6
29.05.2018 Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen Folien 6 Übung 7
05.06.2018 Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining Folien 7
12.06.2018 Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung  Übung 8
19.06.2018 CpG-Inseln, Markov-Ketten Folien 8  Übung 9
26.06.2018 Hidden-Markov-Modelle (HMMs) Folien 9  Übung 10
03.07.2018 RNA I Folien 10 Übung 11
10.07.2018 RNA II + Retrospektive

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)