- Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3
- Veranstalter: Peter Dittrich
- Übung:
- erster Termin am 19.04.
- Gruppe 1:
- Do 14:15 – 15:45h, SR 3423 EAP
- Übungsleiter: Marcus Ludwig
- Gruppe 2:
- Do 14:15 – 15:45h, CZ3 SR131
- Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
- Tutorium: (14- tägl.): voraussichtlich Mo 14.15 – 16.15
- Klausur: Donnerstag, 09.08.2018; 10.00 – 12.00 Uhr; August-Bebel-Str. 4 – HS (Domaschk-Hörsaal)
- Wiederholungsklausur: Freitag, 12.10.2018; 10.00 – 12.00 Uhr; Carl-Zeiss-Str. 3 – SR 385
Vorläufiger Vorlesungsplan
Datum | Thema | Folien | Übungsblatt | Abgabe am |
---|---|---|---|---|
10.04.2018 | Einführung | Übung 1 | 19.04.2018 | |
17.04.2018 | Lokale Alignments, Profil-Alignments | Folien 1 | Übung 2 | 26.04.2018 |
24.04.2018 | Multiple Alignments I: Scoring, Edit-Graph | Folien 2 | Übung 3 | 03.05.2018 |
01.05.2018 | Feiertag | |||
08.05.2018 | Multiple Alignments II: Dijkstra | Folien 3 | Übung 4 | 17.05.2018 |
15.05.2018 | Progressive Alignments, Feng-Doolittle | Folien 4 | Übung 5 | 24.05.2018 |
22.05.2018 | Phylogenetik-Einführung | Folien 5 | Übung6 | 31.05.2018 |
29.05.2018 | Fitch-Algorithmus, Distanzmatrizen | Folien 6 | Übung 7 | 07.06.2018 |
05.06.2018 | Agglomeratives Clustering, Neighbour Joining | Folien 7 | Übung 8 | 14.06.2018 |
12.06.2018 | Einführung Wahrscheinlichkeitsrechnung | Übung 9 | 22.06.2018 | |
19.06.2018 | CpG-Inseln, Markov-Ketten | Folien 8 | Übung 10 | 28.06.2018 |
26.06.2018 | Hidden-Markov-Modelle (HMMs) | Folien 9 | Übung 11 | 05.07.2018 |
03.07.2018 | RNA I | Folien 10 | ||
10.07.2018 | RNA II + Retrospektive |
Empfohlene Literatur
- Skripte
- Prof. Rolf Backofen: Skript zur Einführung in die Bioinformatik 1a, 2003.
- Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.
- Grundlagenwerke
- Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
- Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
- Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)