Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3 (Beginn: 09.04.2019)
  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Übung:
    • Gruppe 1:
      • Do 14:15 – 15:45h, CZ3 SR 131
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Do 14:15 – 15:45h, CZ3 SR 125
      • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: (14- tägl.): Termin wird in der Vorlesung festgelegt
  • Klausur:

Vorläufiger Vorlesungsplan

DatumThemaFolienÜbungsblattAbgabe am
09.04.2019EinführungÜbung 1
16.04.2019Lokale Alignments, Profil-AlignmentsFolien 1Übung 2
23.04.2019Multiple Alignments I: Scoring, Edit-GraphFolien 2Übung 3
30.04.2019Multiple Alignments II: DijkstraFolien 3Übung 4
07.05.2019Progressive Alignments, Feng-DoolittleFolien 4Übung 5
14.05.2019Phylogenetik-EinführungFolien 5Übung6
21.05.2019Fitch-Algorithmus, DistanzmatrizenFolien 6Übung 7
28.05.2019Agglomeratives Clustering, Neighbour JoiningFolien 7Übung 8
04.06.2019Einführung WahrscheinlichkeitsrechnungÜbung 9
11.06.2019CpG-Inseln, Markov-KettenFolien 8Übung 10
18.06.2019Hidden-Markov-Modelle (HMMs)Folien 9Übung 11
25.06.2019RNA IFolien 10
02.07.2019RNA II + Retrospektive
09.07.2019

Empfohlene Literatur

Skripte

Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.

Grundlagenwerke

  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)