Einführung in die Bioinformatik I-2

  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ 3 (Beginn: 09.04.2019)
  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Übung:
    • Gruppe 1:
      • Do 14:15 – 15:45h, CZ3 SR 131
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Do 14:15 – 15:45h, CZ3 SR 125
      • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: Donnerstag, 10:15 – 11:45 Uhr am 18.04.19 / 25.04.19 / 16.05.19 / 23.05.19 / 06.06.19 / 20.06.19 / 04.07.19; SR 3423 EAP2
  • Klausur: Dienstag, 06.08.2019; 10:00 – 12:00 Uhr; SR 314 CZ3

Vorläufiger Vorlesungsplan

DatumThemaFolienÜbungsblattAbgabe am
09.04.2019EinführungÜbung 118.04.2019
16.04.2019Lokale Alignments, Profil-AlignmentsFolien 1Übung 225.04.2019
18.04.2019Tutorium
23.04.2019Multiple Alignments I: Scoring, Edit-GraphFolien 2Übung 302.05.2019
25.04.2019Tutorium
30.04.2019Multiple Alignments II: DijkstraFolien 3Übung 409.05.2019
07.05.2019Progressive Alignments, Feng-DoolittleFolien 4Übung 516.05.2019
14.05.2019Phylogenetik-EinführungFolien 5Übung 623.05.2019
16.05.2019Tutorium
21.05.2019Fitch-Algorithmus, DistanzmatrizenFolien 6Übung 706.06.2019
23.05.2019Tutorium
28.05.2019Agglomeratives Clustering, Neighbour JoiningFolien 7
04.06.2019Einführung WahrscheinlichkeitsrechnungÜbung 813.06.2019
06.06.2019Tutorium
11.06.2019CpG-Inseln, Markov-KettenFolien 8Übung 920.06.2019
18.06.2019Hidden-Markov-Modelle (HMMs)Folien 9Übung 1027.06.2019
20.06.2019Tutorium
25.06.2019RNA IFolien 10
02.07.2019RNA II + Retrospektive
04.07.2019Tutorium
09.07.2019

Empfohlene Literatur

Skripte

Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.

Grundlagenwerke

  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)