Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin (Beginn: 04.05.2020)
    • Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3
    • Donnerstag, 08.30 – 10.00 Uhr; SR 131 CZ3 (14-tägl.)
  • Übungsleiter: Markus Fleischauer (Beginn: 05.05.2020)
    • Dienstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3
  • Klausurtermin: Montag, 03.08.2020; 10.00 –  12.00 Uhr; SR 4119 CZ3

Vorläufiger Ablauf

Termin Themen Folien Übung (Abgabe)
04.05,.2020 Einführung, Formalitäten    
05.05.2020 Test / Besprechung Formalitäten    
11.05.2020 Kurze Einführung Graphentheorie Folien  
14.05.2020 Perfekte Phylogenie, Alg. von Gusfield Folien  
12.05.2020 Besprechung Übung 0   08.05.2020, 16:00
18.05.2020 Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg. Folien  
18.05.2020 Besprechung Übung 1   15.05.2020, 16:00
25.05.2020 Maximum Parsimony Problem, Approximation Folien  
28.05.2020 Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, Wurzelbäume Folien  
25.05.2020 Besprechung Übung 2   22.05.2020.16:00
04.06.2020 Additive Bäume, 4-Punkte Bedingung Folien  
  KEINE Übung    
08.06.2020 Neighbor Joining Folien  
09.06.2020 Besprechung Übung 3   29.05.2020.16:00
15.06.2020 SplitsTrees 1/2 Folien  
16.06.2020 keine Uebung    
18.06.2020 SplitsTrees 2/2, NeighborNet Folien  
22.06.2020 Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM    
23.06.2020 Besprechung Übung 4   12.06.2020 16:00
25.06.2020 Jukes-Cantor, K2P, GTR, Zeitschätzung Folien  
30.06.2020 Besprechung Übung 5   26.06.2020 16:00
29.06.2020 Maximum Likelihood Folien  
02.07.2020 Markov Chain Monte Carlo    
07.07.2020 Besprechung Übung 6   03.07.2020 16:00
06.07.2020 Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit    
09.07.2020 Consensus-Bäume Folien  
13.07.2020 ZOOM- Meeting    
16.07.2020 Superbäume Folien  
       
       
       
       

Literatur

  • Skript“Algorithms for Phylogenetic Reconstructions” von Sebastian Böcker, Hannes Luz, Sven Rahmann, Jens Stoye, Martin Vingron
  • Knoop und Müller, Gene und Stammbäume, Spektrum Akademischer Verlag, 2006
  • Felsenstein, Inferring Phylogenies, Palgrave Macmillan, 2004