Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin (Beginn: 20.04.2020)
    • Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3
    • Donnerstag, 08.30 – 10.00 Uhr; SR 131 CZ3 (14-tägl.)
  • Übungsleiter: Markus Fleischauer (Beginn: 21.04.2020)
    • Dienstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3

Vorläufiger Ablauf

Termin Themen Folien Übung (Abgabe)
Mo 20.04.V Einführung, Formalitäten    
Di 21.04. Ü Besprechung Übung 0    
Do 23.04. V Kurze Einführung Graphentheorie    
Mo 27.04. V Perfekte Phylogenie, Alg. von Gusfield    
Di 28.04. Ü Besprechung Übung 1    
Mo 04.05. V Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg.    
Di 05.05. Ü Besprechung Übung 2    
Do 07.05. V Maximum Parsimony Problem, Approximation    
Mo 11.05. V Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, Wurzelbäume    
Di 12.05. Ü Besprechung Übung 3    
Mo 18.05. V Additive Bäume, 4-Punkte Bedingung    
Di 19.05. Ü Besprechung Übung 4    
Mo 25.05. V Neighbor Joining    
Di 26.05. Ü Besprechung Übung 5    
Mo 01.06. V SplitsTrees 1/2    
Di 02.06. Ü Besprechung Übung 6    
Do  04.06. V SplitsTrees 2/2, NeighborNet    
Mo 08.06. V Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM    
Di 09.06. Ü Besprechung Übung 7    
Mo 15.06. V Jukes-Cantor, K2P, GTR, Zeitschätzung    
Di 16.06. Ü Besprechung Übung 8    
Do 18.06. V Maximum Likelihood    
Mo 22.06. V Markov Chain Monte Carlo    
Di 23.06. Ü Besprechung Übung 9    
Mo 29.06. V Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit    
Di 30.06. Ü Besprechung Übung 10    
Do 02.07. V Consensus-Bäume    
Mo 06.07. V Superbäume    
Di 07.07. Ü Besprechung Übung 11    
Mo 13.07. V Suchheuristiken    
Di 14.07. Ü Besprechung Übung 12    
Do 16.07. V Zusammenfassung / Prüfungsvorbereitung    

Literatur

  • Skript“Algorithms for Phylogenetic Reconstructions” von Sebastian Böcker, Hannes Luz, Sven Rahmann, Jens Stoye, Martin Vingron
  • Knoop und Müller, Gene und Stammbäume, Spektrum Akademischer Verlag, 2006
  • Felsenstein, Inferring Phylogenies, Palgrave Macmillan, 2004