Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Beginn: Donnerstag, 06.04.2023
  • Vorlesungstermine: Mo 12:30 – 14:00 Uhr (ca alle zwei Wochen) und Do 12:30 – 14:00 Uhr, SR 114 AB4
  • Übungsleiter: Fleming Kretschmer, Nils A. Haupt
  • Übungstermine:
    1. Übungsgruppe: Mo 10:15 – 11:45 Uhr, SR 3423, EAP2
    2. Übungsgruppe: Do 10:15 – 11:45 Uhr, SR 3423, EAP2
  • Beginn: 20.04.23/24.04.23
  • Die Übungsserien sind auf Moodle verfügbar und abzugeben
  • Termin Klausur voraussichtlich 3. August 2023

Vorläufiger Ablauf

TerminThemenMaterialÜbungsabgabe
06.04.23Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
13.04.23Metriken auf Strings
17.04.23Alignment-ProblemFolien
20.04.23Paarweises Al. 1
20.04./24.04.Übung1. Übung
24.04.23Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, KostenFolien
27.04.23Paarweises Al. 3: Hirschberg-AlgorithmusFolien
27.04./08.05.Übung2. Übung
04.05.23Scoring-Matrizen und SequenzevolutionFolien
04.05./08.05.Übung3. Übung
11.05.23Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-TheorieFolien
11.05./15.05.Übung4. Übung
15.05.23Paarweises Alignment in der Anwendung, BLASTFolien
25.05.23DIAMONDFolien
22.05./25.05.Übung5. Übung
01.06.23Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DPFolien
25.05./05.06.Übung6. Übung
05.06.23Carrillo-Lipman-SchrankenFolien
01.06./05.06.Übung7. Übung
08.06.23DCA, Center-Star Approximation, FPTFolien
15.06.23Progressive Alignments, ClustalW
08.06./12.06.Übung8. Übung
19.06.23T-Coffee, DIALIGN, MUMmerFolien
15.06./19.05.Übung9. Übung
22.06.23Ukkonen-Algorithmus 1Folien
29.06.23Ukkonen-Algorithmus 2
22.06./26.06.Übung10. Übung
03.07.23Suffix-Arrays
06.07.23Zusammenfassung

Empfohlene Literatur

Weiterführende Literatur

  • Gonzalo Navarro, Mathieu Raffinot. Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press. ISBN-10: 0521039932
  • Dan Gusfield. Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press. ISBN-10: 0521585198
  • Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu. Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing. Cambridge University Press (2015). ISBN-10: 1107078539