- Veranstalter: Sebastian Böcker
- Vorlesung: Do 12:15-13:45, SR 130 CZ
- Übungstermin: Mo 12:15-13:45 Uhr, SR 129 CZ
- Übungsleiter: Kai Dührkop
Vorläufige Ablauf
| Termin | Themen | Folien | Übung | Skript |
| 23.10. | Themenüberblick, Organisatorisches | |||
| 27.10. (12:30 Uhr) | Einführung Massenspektrometrie | Einführung Massenspektrometrie | ||
| 30.10. | Peptid De Novo Sequenzierung I | Peptid De Novo Sequenzierung | ||
| 03.11. | Peptid De Novo Sequenzierung II | Übung 1 | ||
| 13.11. | Peptid De Novo Sequenzierung III | uebung2 | ||
| 20.11. | Kombinatorik gewichteter Strings | uebung3, uebung4 | Kombinatorik gewichteter Strings | |
| 27.11. | Kombinatorik gewichteter Strings II | Übung 5 | ||
| 04.12. | Vergleichen von Spektren | Übung 6 | Datenbanksuche und Spektralalignments | |
| 11.12. | Vergleichen von Spektren | uebung7 | Signifikanz, p-values, q-values, Decoy-Datenbanken | |
| 18.12. | Deocoy-Datenbanken | Signifikanz, p-values, q-values, Decoy-Datenbanken | ||
| 08.01. | Isotopenmuster | Übung 8 | Isotopenanalyse | |
| 15.01. | Fragmentierungsbäume I | Übung 9 | Metaboliten Massenspektrometrie | 22.01. | Fragmentierungsbäume II | Übung 10 | Metaboliten Massenspektrometrie |
| 22.01. | FingerId, MetFrag, CFM-ID | Slides |
Literatur
Ingvar Eidhammer, Kristian Flikka, Lennart Martens and Svein-Ole Mikalsen
Computational Methods for Mass Spectrometry Proteomics, Wiley Interscience, 2007.