Algorithmische Massenspektrometrie

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesung: Do 12:15-13:45, SR 130 CZ
  • Übungstermin: Mo 12:15-13:45 Uhr, SR 129 CZ
  • Übungsleiter: Kai Dührkop

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übung Skript
23.10. Themenüberblick, Organisatorisches
27.10. (12:30 Uhr) Einführung Massenspektrometrie Einführung Massenspektrometrie
30.10. Peptid De Novo Sequenzierung I Peptid De Novo Sequenzierung
03.11. Peptid De Novo Sequenzierung II Übung 1
13.11. Peptid De Novo Sequenzierung III uebung2
20.11. Kombinatorik gewichteter Strings uebung3, uebung4 Kombinatorik gewichteter Strings
27.11. Kombinatorik gewichteter Strings II Übung 5
04.12. Vergleichen von Spektren Übung 6 Datenbanksuche und Spektralalignments
11.12. Vergleichen von Spektren uebung7 Signifikanz, p-values, q-values, Decoy-Datenbanken
18.12. Deocoy-Datenbanken Signifikanz, p-values, q-values, Decoy-Datenbanken
08.01. Isotopenmuster Übung 8 Isotopenanalyse
15.01. Fragmentierungsbäume I Übung 9 Metaboliten Massenspektrometrie
22.01. Fragmentierungsbäume II Übung 10 Metaboliten Massenspektrometrie
22.01. FingerId, MetFrag, CFM-ID Slides

Literatur

Ingvar Eidhammer, Kristian Flikka, Lennart Martens and Svein-Ole Mikalsen
Computational Methods for Mass Spectrometry Proteomics, Wiley Interscience, 2007.