Einführung in die Bioinformatik

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10-12 SR 130 CZ
  • Übungstermin: Mi 14:15-15:45
  • Übung 1
    • Übungsleiter: Martin Engler
    • Raum: SR 108 AB 4
  • Übung 2
    • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Raum: SR 117 AB 4

Vorlesungen

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
21.10.2014 Formales, Ablauf Übung 0 29.10.2014
28.10.2014 Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1 05.11.2014
04.11.2014 Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 12.11.2014
11.11.2014 Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 19.11.2014
18.11.2014 Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 26.11.2014
25.11.2014 Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5 03.12.2014
02.12.2014 KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6 10.12.2014
09.12.2014 Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7 17.12.2014
16.12.2014 Suffixbäume (I) Folien 8
Weihnachtspause
06.01.2015 Suffixbäume (II) Übung 8 14.01.2015
13.01.2015 Suffixbäume – Anwendungen Folien 9 Übung 9 21.01.2015
20.01.2015 Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 10 Übung 10 28.01.2015
27.01.2015 Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 11 Übung 11 04.02.2015
03.02.2015 Alignments mit variablen Gap-Kosten
10.02.2015

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)