Einführung in die Bioinformatik | Lehrstuhl Bioinformatik Jena

Veranstalter: Peter Dittrich
Vorlesungstermin: Di 10-12 SR 130 CZ
Übungstermin: Mi 14:15-15:45
Übung 1
- Übungsleiter: Martin Engler
- Raum: SR 108 AB 4
Übung 2
- Übungsleiter: Marcus Ludwig
- Raum: SR 117 AB 4

Vorlesungen

Datum	Thema	Folien	Übungsblatt	Abgabe am
21.10.2014	Formales, Ablauf		Übung 0	29.10.2014
28.10.2014	Was ist Bioinformatik?	Folien 1	Übung 1	05.11.2014
04.11.2014	Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche	Folien 2	Übung 2	12.11.2014
11.11.2014	Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation)	Folien 3	Übung 3	19.11.2014
18.11.2014	Z-Algorithmus	Folien 4	Übung 4	26.11.2014
25.11.2014	Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus	Folien 5	Übung 5	03.12.2014
02.12.2014	KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I)	Folien 6	Übung 6	10.12.2014
09.12.2014	Boyer-Moore-Algorithmus (II)	Folien 7	Übung 7	17.12.2014
16.12.2014	Suffixbäume (I)	Folien 8
	Weihnachtspause
06.01.2015	Suffixbäume (II)		Übung 8	14.01.2015
13.01.2015	Suffixbäume – Anwendungen	Folien 9	Übung 9	21.01.2015
20.01.2015	Globales Alignment mit Kosten (I)	Folien 10	Übung 10	28.01.2015
27.01.2015	Globales Alignment mit Kosten (II)	Folien 11	Übung 11	04.02.2015
03.02.2015	Alignments mit variablen Gap-Kosten
10.02.2015

Empfohlene Literatur

Skripte

Prof. Rolf Backofen: Skript zur Einführung in die Bioinformatik 1a, 2003.
Volker Heun: Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I & II, 2008.

Grundlagenwerke

Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)

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