Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Di 10-12h, SR 108 AB 4
  • Übungstermin: Mi 14:15-15:45
  • Übung 1
    • Übungsleiter: Kai Dührkop
    • Raum: SR 113 CZ
  • Übung 2
    • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Raum: SR 108 AB 4
  • Tutorium: Fr 10:15-11:45 (14-täglich), SR 3423 EAP 2

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
20.10.2015 Formales, Ablauf Übung 0 28.10.2015
27.10.2015 Was ist Bioinformatik? Folien 1  Übung 1 04.11.2015
03.11.2015 Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 11.11.2015
06.11.2015 Tutorium
10.11.2015 Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 18.11.2015
17.11.2015 Z-Algorithmus Folien 4  Übung 4  25.11.2015
20.11.2015 Tutorium
24.11.2015 Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5 02.12.2015
01.12.2015 KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6  Übung 6 09.12.2015
04.12.2015 KEIN Tutorium
08.12.2015 Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7  16.12.2015
11.12.2015 Tutorium
15.12.2015 Suffixbäume (I) Folien 8
Weihnachtspause
05.01.2016 Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 8 13.01.2016
12.01.2016 Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 9 20.01.2016
19.01.2016 Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 10 27.01.2016
26.01.2016 Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12  Übung 11  03.02.2016
02.02.2016 Alignments mit variablen Gap-Kosten

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)