Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin:
    • Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3 + Donnerstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 123 CZ3
  • Übungsleiter: Markus Fleischauer
    • Mittwoch, 10.00 – 11.30 Uhr; SR 119 AB4

Vorläufige Ablauf

Termin Themen Folien Übung
Mo 17.10. V Einführung, Formalitäten
Do 20.10. V verschoben
Mo 24.10. V Kurze Einführung Graphentheorie Folien 1
Mi 26.10. Ü verschoben  Abgabe Uebung0 (bis FR. 28.10.16 R3425)
Mo 31.10. Reformationstag
Mi 02.11. Ü  Besprechung  Übung 0
Do 03.11. V Perfekte Phylogenie, Alg. von Gusfield Folien 2
Mo 07.11. V Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg. Folien 3 Abgabe Uebung1
Mi 09.11. Ü Besprechung Übung 1
Mo 14.11.  V Maximum Parsimony Problem, Approximation Folien 4  Abgabe Uebung2
Mi 16.11. Ü verschoben
Do 17.11. V Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, Wurzelbäume Folien 5
Mo 21.11. V Additive Bäume, 4-Punkte Bedingung Folien 6
Mi 23.11. Ü verschoben
Mo 28.11. V Neighbor Joining
Mi 30.11. Ü Besprechung  Übung
Do 01.12. V SplitsTrees 1/2 Folien 7
Mo 05.12. V SplitsTrees 2/2, NeighborNet Folien 8 Abgabe Uebung3
Mi 07.12. Ü Besprechung  Übung
Mo 12.12. V Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM Folien 9
Mi 14.12. Ü
Do 15.12. V Jukes-Cantor, K2P, GTR, Zeitschätzung Folien 10
Mo 19.12. V Maximum Likelihood Folien 11  Abgabe Uebung4
Mi 21.12. Ü Besprechung  Übung
Do 05.01. V Markov Chain Monte Carlo
Mo 09.01. V Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit  Abgabe Uebung5
Mi 11.01. Ü
Mo 16.01. V Consensus-Bäume  Folien 12   Abgabe Uebung6
Mi 18.01. Ü
Do 19.01. V Superbäume Folien 13
Mo 23.01. V auf den 26.01. verschoben
Mi 25.01. Ü Besprechung  Übung
Do 26.01. V Suchheuristiken
Mo 30.01. V
Mi 01.02. Ü
Do 02.02. V

Literatur

  • Skript“Algorithms for Phylogenetic Reconstructions” von Sebastian Böcker, Hannes Luz, Sven Rahmann, Jens Stoye, Martin Vingron
  • Knoop und Müller, Gene und Stammbäume, Spektrum Akademischer Verlag, 2006
  • Felsenstein, Inferring Phylogenies, Palgrave Macmillan, 2004