Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 225 CZ3
  • Übungsgruppe 1:
    • Mi 14:15 – 15:45h, SR 108 AB4
    • Übungsleiter: Marcus Ludwig
  • Übungsgruppe 2:
    • Mi 14:15 – 15:45h, SR 206 CZ3
    • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: Di 08:30 – 10:00h, SR 3423 EAP2 (14 tägl., beginnend am 25.10.2016)

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
18.10. Formales, Ablauf  Übung 0  26.10.2016
25.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1  Übung 1 02.11.2016
01.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2  Übung 2 09.11.2016
08.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 16.11.2016
15.11. Z-Algorithmus  Folien 4  Übung 4 23.11.2016
22.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus  Folien 5  Übung 5 30.11.2016
29.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I)  Folien 6 Übung 6 07.12.2016
06.12. Tutorium, SR 3423 EAP2
06.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7  Übung 7  14.12.2016
13.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8 21.12.2016
20.12. Tutorium, SR 3423 EAP2
20.12. Suffixbäume (II)  Folien 9  Übung 9  04.01.2017
Weihnachtspause
03.01. Tutorium, SR 3423 EAP2
03.01. Suffixbäume – Anwendungen  Folien 10
10.01. Globales Alignment mit Kosten (I)  Folien 11 Übung 10  18.01.2017
17.01. Tutorium, SR 3423 EAP2
17.01. Globales Alignment mit Kosten (II)  Folien 12 Übung 11  25.01.2017
24.01. Alignments mit variablen Gap-Kosten
31.01. Tutorium, SR 3423 EAP2
31.01.

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)