Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 1 TO Lessingstrasse 8
  • Übung:
    • Gruppe 1:
      • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR130
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR131
      • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: Termin wird in der 1. Vorlesung festgelegt

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
17.10. Formales, Ablauf Übung 0 01.11.2017
24.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1
31.10. Feiertag Übung 1 08.11.2017
07.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 15.11.2017
14.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 22.11.2017
21.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 29.11.2017
28.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus  Folien 5 Übung 5 06.12.2017
05.12. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6 13.12.2017
12.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7 20.12.2017
19.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8 10.01.2018
Weihnachtspause
09.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9 17.01.2018
16.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 10 23.01.2018
23.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 11 31.01.2018
30.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 12 07.02.2018
06.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)