Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 1 TO Lessingstrasse 8
  • Übung:
    • Gruppe 1:
      • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR130
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR131
      • Übungsleiter: Emanuel Barth, Maximilian Collatz
  • Tutorium: Termin wird in der 1. Vorlesung festgelegt

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
17.10. Formales, Ablauf Übung 0 01.11.2017
24.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1
31.10. Feiertag Übung 1 08.11.2017
07.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 15.11.2017
14.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 22.11.2017
21.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 29.11.2017
28.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus  Folien 5 Übung 5 06.12.2017
05.12. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6 13.12.2017
12.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7 20.12.2017
19.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8 10.01.2018
Weihnachtspause
09.01. Suffixbäume (II)  Folien 9 Übung 9 17.01.2018
16.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10
23.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11
30.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12
06.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)