Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 1 TO Lessingstrasse 8
  • Übung:
    • Mi 14:15 – 15:45h, CZ3 SR131
    • Übungsleiter: Marcus Ludwig
  • Tutorium: Termin wird in der 1. Vorlesung festgelegt

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
17.10. Formales, Ablauf Übung 0
24.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1
31.10. Feiertag
07.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2
14.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3
21.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4
28.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5
05.12. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6
12.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7
19.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8
Weihnachtspause
09.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9
16.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10
23.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 10
30.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 11
06.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)