Algorithmische Massenspektrometrie

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesung: Donnerstag, 12:30 Uhr – 14.00 Uhr; SR 385 SR 114 CZ3
  • Übungsleiter: Kai Dührkop, Martin Hoffmann
  • Übungstermin: Dienstag (beginnend: 23.10.2018); 12.15 Uhr – 13.45 Uhr; SR 114 AB4
  • Tutorium: Montag, 12:30 – 14:00; 14 tägl. (Beginn: 29.10.2018); SR 131 CZ3 SR 3423, EAP2

Vorläufiger Ablauf

Termin Themen Folien Übung
18.10.2018 Themenüberblick, Organisatorisches Folien
25.10.2018 Einführung Massenspektrometrie Folien uebung1
29.10.2018 Tutorium
01.11.2018 Peptid De Novo Sequenzierung I Folien uebung2
08.11.2018 Peptid De Novo Sequenzierung II Beispiel
12.11.2018 Tutorium
15.11.2018 Kombinatorik gewichteter Strings I Folien uebung3+4
22.11.2018 Kombinatorik gewichteter Strings II Folien uebung5
26.11.2018 Tutorium
29.11.2018 Datenbanksuche Folien uebung6
06.12.2018 Signifikanz: p-values Folien uebung7
10.12.2018 Tutorium
13.12.2018 Köderdatenbanken, FDR Folien uebung8
20.12.2018 Isotopenmuster Folien uebung9
07.01.2019 Tutorium
10.01.2019 Fragmentierungsbäume Folien
17.01.2019 Maximaler Farbenfroher Teilbaum Problem Folien
21.01.2019 Tutorium
24.01.2019 Suche in Metaboliten-Strukturdatenbanken Folien
31.01.2019 Retrospektive
04.02.2019 Tutorium: Klausurvorbereitung
07.02.2019 fällt aus

Literatur

Ingvar Eidhammer, Kristian Flikka, Lennart Martens and Svein-Ole Mikalsen
Computational Methods for Mass Spectrometry Proteomics, Wiley Interscience, 2007.