Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Di 10:15-11:45h, SR 384 CZ3
  • Übung: beginnt in der 2. Vorlesungswoche – 23.10.2019
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
      • Mi 14:15-15:45h, SR 130 CZ3
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Mi 14:15-15:45h, SR 131 CZ3
  • Tutorium: wird noch festgelegt

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
15.10. Formales, Ablauf      
22.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 0  
Tutorium        
29.10. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 1 30.10.2019
05.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 2 06.11.2019
Tutorium        
12.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 3 13.11.2019
19.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 4 20.11.2019
Tutorium        
26.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 5 27.11.2019
03.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 6 04.12.2019
Tutorium        
10.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 7 11.12.2019
17.12. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 8 18.12.2019
Tutorium        
  Weihnachtspause      
07.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 9 08.01.2020
14.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 10 15.01.2020
Tutorium        
21.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 11 22.01.2020
28.01. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13    
Tutorium        
04.02.        

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)