Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesungstermin: Onlineveranstaltung, Di 10:15-11:45  h
  • Übung: Präsenzveranstaltung
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
      • Mi 14:15-15:45h, Fröbelstieg 1 – HS 1
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Mi 14:15-15:45h, AB4 – SR 104
  • Tutorium: Onlineveranstaltung ZOOM-Meeting (2SWS, Sebastian Böcker)

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
03.11. Formales, Ablauf      
03.11. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 0  
Tutorium        
10.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 1  
17.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 2  
Tutorium        
24.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 3  
01.12. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 4  
Tutorium        
08.12. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 5  
15.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 6  
Weihnachtspause        
05.01. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 7  
12.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 8  
Tutorium        
19.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 9  
26.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 10  
Tutorium        
02.02. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 11  
09.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13 Übung 12  
Tutorium        

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)