Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesung: Onlineveranstaltung, Videodateien zum Download
  • Tutorium: Onlineveranstaltung ZOOM-Meeting, Sebastian Böcker
    • Dienstag, 10:15-11:45h
    • Start am 3. November 2020
  • Übung: Präsenzveranstaltung
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
      • Mi 14:15-15:45h, Fröbelstieg 1 (Abbeanum) – HS 1
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Mi 14:15-15:45h, SR 114 CZ3

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am zusätzliche Slides
03.11. Formales, Ablauf        
03.11. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1 11.11.2020 Zusatzslides 1
10.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 18.11.2020 Zusatzslides Alphabete
17.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 25.11.2020 Zusatzslides Übung 2
24.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 02.12.2020  
01.12. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5      
08.12. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6      
15.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7      
Weihnachtspause          
05.01. Suffixbäume (I) Folien 8      
12.01. Suffixbäume (II) Folien 9      
19.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10      
26.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11      
02.02. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12      
09.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13      

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)