Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesung: Onlineveranstaltung, Videodateien zum Download
  • Tutorium: Onlineveranstaltung ZOOM-Meeting, Sebastian Böcker
    • Dienstag, 10:15-11:45h
    • Start am 3. November 2020
  • Übung: Präsenzveranstaltung
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
      • Mi 14:15-15:45h, Fröbelstieg 1 (Abbeanum) – HS 1
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Mi 14:15-15:45h, SR 114 CZ3

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am zusätzliche Slides
03.11. Formales, Ablauf        
03.11. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1 11.11.2020

Zusatzslides Übung 1a

Zusatzslides Übung 1b

10.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 18.11.2020 Zusatzslides Übung 2
17.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 25.11.2020 Zusatzslides Übung 3
24.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 02.12.2020 Zusatzslides Übung 4
01.12. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5 09.12.2020 Zusatzslides Übung 5
08.12. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6 16.12.2020 Zusatzslides Übung 6
15.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7 06.01.2021 Zusatzslides Übung 7
Weihnachtspause          
05.01. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8 13.01.2021 Zusatzslides Übung 8
12.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9 20.01.2021 Zusatzslides Übung 9
19.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 10 27.01.2021 Zusatzslides Übung 10
26.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 11 03.02.2021 Zusatzslides Übung 11
02.02. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 12 10.02.2021 Zusatzslides Übung 12
09.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13      

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)