Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesung: Dienstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr; SR 316 CZ3 (Beginn: 19.10.21)
  • Tutorium:  Montag, 16:15 Uhr – 17:45 Uhr; SR 274 CZ3 (Beginn: 08.11.21
  • Übung:
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Kevin Lamkiewicz
      • Mi 14:15 Uhr – 15:45 Uhr; SR 121 (Beginn: 20.10.21)
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Do 14:15 Uhr – 15:45 Uhr; SR 130, CZ3 (Beginn: 21.10.21)

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
19.10. Formales, Ablauf      
26.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1 03.11.
02.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 10.11.
08.11. Tutorium      
09.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 17.11.
16.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 24.11.
22.11. Tutorium      
23.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5 01.12.
30.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6 08.12.
06.12. Tutorium      
07.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7 15.12.
14.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8 05.01.
Weihnachtspause
03.01. verschoben auf den 04.01.2022, 10:15h ZOOM-Link wird über Friedolin zugesandt      
04.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9 12.01.
11.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 10 19.01.
18.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 11 26.01.
25.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 12 01.02.
01.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13    
08.02. Zusammenfassung      

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)