Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesung: 
  • Tutorium: Sebastian Böcker
  • Übung:
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Marcus Ludwig
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am zusätzliche Slides
19.10. Formales, Ablauf        
26.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1  

Zusatzslides Übung 1a

Zusatzslides Übung 1b

02.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2   Zusatzslides Übung 2
09.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3   Zusatzslides Übung 3
16.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4   Zusatzslides Übung 4
23.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5   Zusatzslides Übung 5
30.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6   Zusatzslides Übung 6
07.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7   Zusatzslides Übung 7
14.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8   Zusatzslides Übung 8
Weihnachtspause
04.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9   Zusatzslides Übung 9
11.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 10   Zusatzslides Übung 10
18.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 11   Zusatzslides Übung 11
25.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 12   Zusatzslides Übung 12
01.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13      
08.02.          

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)