Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesung: Dienstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr; SR 316 CZ3 (Beginn: 19.10.21)
  • Tutorium:  Montag, 16:15 Uhr – 17:45 Uhr; SR 274 CZ3 (Beginn: 08.11.21
  • Übung:
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: Kevin Lamkiewicz
      • Mi 14:15 Uhr – 15:45 Uhr; SR 121 (Beginn: 20.10.21)
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Do 14:15 Uhr – 15:45 Uhr; SR 130, CZ3 (Beginn: 21.10.21)

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
19.10. Formales, Ablauf      
26.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1 03.11.
02.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2 10.11.
08.11. Tutorium      
09.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3 17.11.
16.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4 24.11.
22.11. Tutorium      
23.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5 01.12.
30.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6 08.12.
06.12. Tutorium      
07.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7 15.12.
14.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8 05.01.
Weihnachtspause
03.01. verschoben auf den 04.01.2022, 10:15h Online-Tutorium
ZOOM-Link wird über Friedolin zugesandt
     
04.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9 12.01.
11.01. Online- Tutorium
(Suffixbäume – Anwendungen)
Folien 10 Übung 10 19.01.
18.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 11  
25.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 12  
01.02. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13    
08.02.        

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)