Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker / Dr. Kai Dührkop / Dr. Marcus Ludwig
  • Vorlesungstermine: Mo 12:30 – 14:00 Uhr; SR 121 AB4
  • Vorlesungstermine: Do 10:15 – 11:45 Uhr; SR130 CZ3 (Start: 21.10.)
  • Übungsleiter: Fleming Kretschmer
  • Übungstermine: Di 12.30-14:00 Uhr; SR 121 AB4
  • Beginn: 02.11.2021

Vorläufiger Ablauf

TerminThemenMaterialÜbungsabgabe
21.10.Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
25.10.Metriken auf Strings
28.10.Alignment-Problem
02.11.Übung1. Übung
04.11.Paarweises Al. 1
08.11.Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, Kosten
09.11.Übung
11.11.Paarweises Al. 3: Hirschberg-Algorithmus
16.11.Übung
18.11.Scoring-Matrizen und Sequenzevolution
22.11.Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-Theorie
23.11.Übung
25.11.Paarweises Alignment in der Anwendung, BLAST
30.11.Übung
02.12.DIAMOND
06.12.Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DP
07.12.Übung
09.12.Carrillo-Lipman-Schranken
14.12.Übung
20.12.DCA, Center-Star Approximation, FTP
21.12.Übung
Weihnachtsferien
06.01.Progressive Alignments, ClustalW
11.01.Übung
13.01.T-Coffee, DIALIGN, MUMmer
17.01.Ukkonen-Algorithmus 1
18.01.Übung
20.01.Ukkonen-Algorithmus 2
25.01.Übung
27.01.Suffix-Arrays
01.02.Übung
03.02.Zusammenfassung

Empfohlene Literatur