Sequenzanalyse

  • Veranstalter: Sebastian Böcker / Dr. Kai Dührkop / Dr. Marcus Ludwig
  • Vorlesungstermine: Mo 12:30 – 14:00 Uhr; SR 121 AB4
  • Vorlesungstermine: Do 10:15 – 11:45 Uhr; SR130 CZ3 (Start: 21.10.)
  • Übungsleiter: Fleming Kretschmer
  • Übungstermine: Di 12.30-14:00 Uhr; SR 121 AB4
  • Beginn: 02.11.2021

Vorläufiger Ablauf

TerminThemenMaterialÜbungsabgabe
21.10.Einführung, Formalitäten, biologischer Hintergrund
25.10.Metriken auf Strings
28.10.Alignment-ProblemFolien
02.11.Übung1. Übung
04.11.Paarweises Al. 1
08.11.Paarweises Al. 2: Suboptimale Alignments, KostenFolien
09.11.Übung2. Übung
11.11.Paarweises Al. 3: Hirschberg-AlgorithmusFolien
16.11.Übung3. Übung
18.11.Scoring-Matrizen und SequenzevolutionFolien
22.11.Signifikanz von Alignment-Scores, Karlin-Altschul-TheorieFolien
23.11.Übung4. Übung
25.11.Paarweises Alignment in der Anwendung, BLASTFolien
30.11.Übung5. Übung
02.12.DIAMONDFolien
06.12.Einführung Multiple Sequence Al. (MSA), DPFolien
07.12.Übung6. Übung
09.12.Carrillo-Lipman-SchrankenFolien
14.12.Übung7. Übung
16.12.DCA, Center-Star Approximation, FPTFolien
Weihnachtsferien
06.01.Progressive Alignments, ClustalW
11.01.Übung8. Übung
13.01.T-Coffee, DIALIGN, MUMmerFolien
18.01.Übung9. Übung
20.01.Ukkonen-Algorithmus 1Folien
25.01.Übung10. Übung
27.01.Ukkonen-Algorithmus 2
03.02.Suffix-Arrays
07.02.Zusammenfassung

Empfohlene Literatur