Einführung in die Bioinformatik I-1

  • Veranstalter: Peter Dittrich
  • Vorlesung: Dienstag, 10:15 Uhr – 11:45 Uhr; SR 013b AB4
  • Tutorium: 
  • Übung:
    • Gruppe 1: 
      • Übungsleiter: N.N.
      • Do 14:15 – 15:45h SR 225, CZ3
    • Gruppe 2:
      • Übungsleiter: Emanuel Barth
      • Do 14:15 – 15:45h SR 131, CZ3

Vorläufiger Vorlesungsplan

Datum Thema Folien Übungsblatt Abgabe am
18.10. Formales, Ablauf      
25.10. Was ist Bioinformatik? Folien 1 Übung 1  
01.11. Was ist ein Algorithmus? Naiver Algorithmus für exakte Suche Folien 2 Übung 2  
08.11. Lineare Suche mit Z-Vorverarbeitung, Komplexität (O-Notation) Folien 3 Übung 3  
15.11. Z-Algorithmus Folien 4 Übung 4  
22.11. Knuth-Morris-Pratt-Algorithmus Folien 5 Übung 5  
29.11. KMP/ Boyer-Moore-Algorithmus (I) Folien 6 Übung 6  
06.12. Boyer-Moore-Algorithmus (II) Folien 7 Übung 7  
13.12. Suffixbäume (I) Folien 8 Übung 8  
Weihnachtspause
03.01. Suffixbäume (II) Folien 9 Übung 9  
10.01. Suffixbäume – Anwendungen Folien 10 Übung 10  
17.01. Globales Alignment mit Kosten (I) Folien 11 Übung 11  
24.01. Globales Alignment mit Kosten (II) Folien 12 Übung 12  
31.01. Alignments mit variablen Gap-Kosten Folien 13    
07.02. Zusammenfassung      

Empfohlene Literatur

Skripte
Grundlagenwerke
  • Setubal/Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology
  • Backofen/Clote: Computational Molecular Biology
  • Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences (fortgeschrittene Darstellung)