Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Letztmalig/aktuell im SoSe 2024
  • Nächste Instanz geplant im SoSe 2025
    • Achtung: im SoSe 2025 Algorithmische Phylogenetik statt Sequenzanalyse!
  • Vorlesungstermin (Beginn: 07.04.2025)
    • Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 225 CZ3
    • Donnerstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 225 CZ3
  • Übungsleiter: Nils Haupt (Beginn: )
    • Dienstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 123 CZ3
  • Übungen werden im Moodle hochgeladen
  • Termine für mündliche Prüfungen:

Vorläufiger Ablaufplan

TerminThemenFolien
Mo 07.04.25Einführung, FormalitätenFolien 1
Mo 07.04.25GraphentheorieFolien 2
Do 10.04.25Perfekte Phylogenie, Alg. von GusfieldFolien 3
Mo 05.05.25Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg.Folien 4
Do 08.05.25Maximum Parsimony Problem, ApproximationFolien 5
Mo 12.05.25Lokale Suchheuristiken (NNI, SPR, TBR)
Do 15.05.25Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, WurzelbäumeFolien 6
Mo 19.05.25Additive Bäume, 4-Punkte BedingungFolien 7
Do 22.05.25Neighbor JoiningFolien 8
Mo 26.05.25SplitsTrees 1/2Folien 9
Mo 02.06.25SplitsTrees 2/2, NeighborNetFolien 10
Do 05.06.25Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM
Do 12.06.25Jukes-Cantor, K2P, GTR, ZeitschätzungFolien 12
Mo 16.06.25Maximum LikelihoodFolien 13
Do 19.06.25Markov Chain Monte Carlo
Do 03.07.25Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit
Mo 07.07.25Consensus-BäumeFolien 16
Do, 10.07.25SuperbäumeFolien 17