Bioinformatische Methoden in der Genomforschung

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Do 12.30-14.00h, SR 122 CZ3
  • Tutorium: Termin wird in der Vorlesung festgelegt
  • Übungstermin: Mo 12.30-14.00h, SR 131 CZ3
  • Übungsleiter: Kai Dührkop

  • Vorläufiger Ablaufplan

    Termin Themen Folien Übungsausgabe Übungsabgabe
    19.10. Vorlesung: Einführung
    23.10. Übung
    26.10. Vorlesung: BACs sortieren Folien Übung 1
    30.10. Übung
    02.11. Vorlesung: Microarrays 1 Folien
    06.11. Übung Übung 2
    09.11. Vorlesung: Microarrays 2 Folien Übung 3
    13.11. Übung
    16.11. Vorlesung: Datenanalyse + Hierarchisches Clustern Folien Übung 4
    20.11. Übung
    23.11. Vorlesung: k-means, Cluster Editing, TransClust Folien Übung 5
    27.11. Übung
    30.11. Vorlesung: Synthenie, vergleichende Genomik Folien Übung 6
    04.12. Übung
    07.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 1 Folien Übung 7
    11.12. Übung
    14.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 2 Folien Übung 8
    18.12. Übung
    11.01. Vorlesung: Motif-Finding und EM-Algorithmus
    15.01. Übung
    18.01. Vorlesung: Connecting Intervals Folien Übung 9

    seq_xMM

    H1-hESC

    22.01. Übung
    25.01. Vorlesung: Reference Gene Cluster Folien Übung 10
    29.01. Übung
    01.02. Vorlesung: Gibbs-Sampler Übung 11
    05.02. Übung

    Weitere Themen werden im Lauf des Semesters in der Tabelle hinzugefügt.

    Literatur

    • zu Physical Mapping: Skript Algorithmen der Bioinformatik von Volker Sperschneider, Kapitel 1 sowie Skript Algorithmische Bioinformatik I/II von Volker Heun, Kapitel 6