Bioinformatische Methoden in der Genomforschung

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Mo 12.30-14.00h, SR 131 CZ3
  • Tutorium: Beginn: 14.15-15.45h, SR 3423 EAP2 (21.11./05.12./19.12./09.01./23.01./06.02.)
  • Übungstermin: Do 12.30-14.00h, SR 123 CZ3
  • Übungsleiter: Martin Hoffmann

  • Vorläufiger Ablaufplan

    Termin Themen Folien Übungsausgabe Übungsabgabe
    14.10. Vorlesung: Einführung      
    14.10. Übung entfällt      
    21.10. verschoben auf 24.10.; SR 123, CZ3 Vorlesung: BACs sortieren Vorlesung1_Folien    
    24.10. Übung entfällt      
    28.10. Vorlesung: Microarrays 1 Vorlesung2_folien uebung1+2 04.11.2019
    31.10. Übung entfällt      
    04.11. Vorlesung: Microarrays 2 Vorlesung3_Folien uebung3_2020 11.11.2019
    07.11. Übung      
    07.11. Tutorium      
    11.11. Vorlesung: Datenanalyse + Hierarchisches Clustern v4 uebung4_2020 18.11.2019
    14.11. Übung      
    18.11. Vorlesung: k-means, Cluster Editing, TransClust v5 uebung5_2020 25.11.2019
    21.11. Übung      
    21.11. Tutorium      
    25.11. Vorlesung: Synthenie, vergleichende Genomik v6 uebung6_2020 02.12.2019
    28.11. Übung      
    02.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 1 v10 uebung7_2020 09.12.2019
    05.12. Übung      
    05.12. Tutorium      
    09.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 2 v8_components uebung8_2020tex 06.01.2020
    12.12. Übung      
    16.12. Vorlesung: Connecting Intervals v12 uebung9_2020tex 13.01.2020
    19.12. Übung      
    19.12. Tutorium      
    06.01. Gencluster II v13 uebung10_2020 20.01.2020
    09.01. Übung      
    09.01. Tutorium      
    13.01. Vorlesung: Motif Finding Problem      
    16.01. Übung      
    20.01. Vorlesung: Gibbs-Sampler      
    23.01. Übung      
    23.01. Tutorium      
    27.01. Vorlesung: Expectation Maximization      
    30.01. Übung      
    03.02 Vorlesung: Abschließende Zusammenfassung      
    06.02. Übung      
    06.02. Tutorium      

    Weitere Themen werden im Lauf des Semesters in der Tabelle hinzugefügt.

    Literatur

    • zu Physical Mapping: Skript Algorithmen der Bioinformatik von Volker Sperschneider, Kapitel 1 sowie Skript Algorithmische Bioinformatik I/II von Volker Heun, Kapitel 6