Bioinformatische Methoden in der Genomforschung

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Vorlesungstermin: Mo 14.15 – 15.45 Uhr, SR 108 AB4 (Beginn: 18.10.21)
  • Tutorium: wird in der 1. VL festgelegt 
  • Übungstermin: Mi 10:15 – 11.45 Uhr, SR 121 CZ3 (Beginn: 27.10.21)
  • Übungsleiter: Martin Hoffmann

  • Vorläufiger Ablaufplan

    Termin Themen lecture notes
    Exercises Due date
    18.10. Vorlesung: Einführung      
    20.10. Übung entfällt      
    25.10. Vorlesung: BACs sortieren Vorlesung1_Folien Exercise 1
    Übung 1
    03.11
    27.10. Übung       
    01.11. Vorlesung: Microarrays 1 Vorlesung2_folien Uebung 2 08.11
    03.11. Übung      
    08.11. Vorlesung: Microarrays 2 Vorlesung3_Folien uebung3_2020 15.11
    10.11. Übung      
    15.11. Vorlesung: Datenanalyse + Hierarchisches Clustern v4 uebung4_2020 22.11
    17.11. Übung      
    22.11. Vorlesung: k-means, Cluster Editing, TransClust v5 uebung5_2020 29.11
    24.11. Übung      
    29.11. Vorlesung: Synthenie, vergleichende Genomik v6 uebung6_2020  
    01.12. Übung      
    06.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 1 v10 uebung7_2020  
    08.12. Übung      
    13.12. Vorlesung: Sorting by Inversions 2 v8_components uebung8_2020tex  
    15.12. Übung      
    03.01. Vorlesung: Connecting Intervals v12 uebung9_2020tex  
    05.01. Übung      
    10.01. Gencluster II v13 uebung10_2020  
    12.01. Übung      
    17.01. Vorlesung: Motif Finding Problem Vorlesung14 uebung11_2020  
    19.01. Übung      
    24.01. Vorlesung: Gibbs-Sampler   uebung12_2020  
    26.01. Übung      
    31.01. Vorlesung: Expectation Maximization      
    02.02. Übung      
    07.02. Vorlesung: Abschließende Zusammenfassung      
    09.02. Übung      

    Weitere Themen werden im Lauf des Semesters in der Tabelle hinzugefügt.

    Literatur

    • zu Physical Mapping: Skript Algorithmen der Bioinformatik von Volker Sperschneider, Kapitel 1 sowie Skript Algorithmische Bioinformatik I/II von Volker Heun, Kapitel 6