Algorithmische Phylogenetik

  • Veranstalter: Sebastian Böcker
  • Letztmalig/aktuell im SoSe 2024
  • Nächste Instanz geplant im SoSe 2026
  • Vorlesungstermin (Beginn: 04.04.2024)
    • Montag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3
    • Donnerstag, 08.30 – 10.00 Uhr; SR 131 CZ3
  • Übungsleiter: Nils Haupt (Beginn: 09.04.2024)
    • Dienstag, 12.30 – 14.00 Uhr; SR 131 CZ3
  • Übungen werden im Moodle hochgeladen

Vorläufiger Ablaufplan

TerminThemenFolien
Do 04.04.24Einführung, FormalitätenFolien 1
Mo 08.04.24GraphentheorieFolien 2
Do 11.04.24Perfekte Phylogenie, Alg. von GusfieldFolien 3
Do 18.04.24Small Parsimony Problem, Fitch und Sankoff Alg.Folien 4
Do 25.04.24Maximum Parsimony Problem, ApproximationFolien 5
Mo 29.04.24Lokale Suchheuristiken (NNI, SPR, TBR)
Mo 06.05.24Distanz-basierte Methoden, Ultrametriken, WurzelbäumeFolien 6
Mo 13.05.24Additive Bäume, 4-Punkte BedingungFolien 7
Do 16.05.24Neighbor JoiningFolien 8
Do 23.05.24SplitsTrees 1/2Folien 9
Mo 27.05.24SplitsTrees 2/2, NeighborNetFolien 10
Do 30.05.24Sequenzevolution, Markov-Ketten, PEM und PAM
Do 06.06.24Jukes-Cantor, K2P, GTR, ZeitschätzungFolien 12
Do 13.06.24Maximum LikelihoodFolien 13
Mo 17.06.24Markov Chain Monte Carlo
Do 27.06.24Bootstrapping, Jackknifing, Goodness-of-Fit
Mo 01.07.24Consensus-BäumeFolien 16
Do, 04.07.24SuperbäumeFolien 17